<pre style='margin:0'>
Dan Ports (drkp) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/35d2e8cc27fc2e06f15321316588c4379499b785">https://github.com/macports/macports-ports/commit/35d2e8cc27fc2e06f15321316588c4379499b785</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 35d2e8c  bedtools: fix building docs
</span>35d2e8c is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 35d2e8cc27fc2e06f15321316588c4379499b785
</span>Author: Arjan van der Velde <vandervelde.ag@gmail.com>
AuthorDate: Wed Sep 6 19:24:51 2017 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bedtools: fix building docs
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    patch docs/conf.py to work with current version of sphinx. a pull
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    request has been submitted upstream and will hopefully be included in
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    the next release.
</span>---
 science/bedtools/Portfile                      |  2 ++
 science/bedtools/files/patch-docs-conf.py.diff | 30 ++++++++++++++++++++++++++
 2 files changed, 32 insertions(+)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bedtools/Portfile b/science/bedtools/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index e7a7b20..c931c68 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bedtools/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bedtools/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -27,6 +27,8 @@ depends_lib         port:zlib
</span> 
 use_configure       no
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          patch-docs-conf.py.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> variant universal {}
 
 configure.optflags  -O2
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bedtools/files/patch-docs-conf.py.diff b/science/bedtools/files/patch-docs-conf.py.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..c956dad
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bedtools/files/patch-docs-conf.py.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,30 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- docs/conf.py.orig      2017-09-06 19:16:13.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ docs/conf.py   2017-09-05 16:54:48.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -26,7 +26,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # coming with Sphinx (named 'sphinx.ext.*') or your custom ones.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ extensions = ['sphinx.ext.autodoc', 'sphinx.ext.doctest', 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+               'sphinx.ext.intersphinx', 'sphinx.ext.todo', 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-              'sphinx.ext.coverage', 'sphinx.ext.pngmath', 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++              'sphinx.ext.coverage',
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+               'sphinx.ext.ifconfig', 'sphinx.ext.viewcode',
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                           'matplotlib.sphinxext.plot_directive']
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -225,7 +225,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # Example configuration for intersphinx: refer to the Python standard library.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ intersphinx_mapping = {'bedtools': ('http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/', None)}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-class Mock(object):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++class Mock(list):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     def __init__(self, *args, **kwargs):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         pass
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -241,6 +241,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         else:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+             return Mock()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    def setup(self, *args, **kargs):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        pass
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ MOCK_MODULES = ['numpy', 'matplotlib', 'matplotlib.pyplot', 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                 'matplotlib.sphinxext', 'matplotlib.sphinxext.plot_directive']
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ for mod_name in MOCK_MODULES:
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>