<pre style='margin:0'>
Rainer Müller (raimue) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/f490337a8f7f68abc0312e0d0a95e21f878f63cf">https://github.com/macports/macports-ports/commit/f490337a8f7f68abc0312e0d0a95e21f878f63cf</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new f490337  bedtools: fix build error with Xcode 9.0
</span>f490337 is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit f490337a8f7f68abc0312e0d0a95e21f878f63cf
</span>Author: Arjan van der Velde <vandervelde.ag@gmail.com>
AuthorDate: Wed Sep 27 11:30:42 2017 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bedtools: fix build error with Xcode 9.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    patch src/utils/FileRecordTools/Records/StrandQueue.cpp and src/utils/FileRecordTools/Records/StrandQueue.h using upstream pull request https://github.com/arq5x/bedtools2/pull/574. hopefully this will be included in the next release. This fixes https://trac.macports.org/ticket/54896.
</span>---
 science/bedtools/Portfile                          |  4 +-
 ...ls-FileRecordTools-Records-StrandQueue.cpp.diff | 67 ++++++++++++++++++++++
 ...tils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.h.diff | 35 +++++++++++
 3 files changed, 105 insertions(+), 1 deletion(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bedtools/Portfile b/science/bedtools/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index c931c68..a60717d 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bedtools/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bedtools/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -27,7 +27,9 @@ depends_lib         port:zlib
</span> 
 use_configure       no
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles          patch-docs-conf.py.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          patch-docs-conf.py.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.cpp.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.h.diff
</span> 
 variant universal {}
 
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bedtools/files/patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.cpp.diff b/science/bedtools/files/patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.cpp.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..9caecf6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bedtools/files/patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.cpp.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,67 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- src/utils/FileRecordTools/Records/StrandQueue.cpp.orig
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ src/utils/FileRecordTools/Records/StrandQueue.cpp
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -25,11 +25,11 @@ StrandQueue::~StrandQueue() {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-Record *StrandQueue::top() const
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++Record *StrandQueue::top()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   int minIdx = getMinIdx();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   if (minIdx == -1) return NULL;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  return const_cast<Record *>(_queues[minIdx]->top());
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  return _queues[minIdx]->top();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ void StrandQueue::pop() {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -38,8 +38,8 @@ void StrandQueue::pop() {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   _queues[minIdx]->pop();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-Record * StrandQueue::top(Record::strandType strand) const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  const Record *record = NULL;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++Record * StrandQueue::top(Record::strandType strand) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  Record *record = NULL;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   switch (strand) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   case Record::FORWARD:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           if (_queues[0]->empty()) return NULL;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -57,10 +57,10 @@ Record * StrandQueue::top(Record::strandType strand) const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   default:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           break;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  return const_cast<Record *>(record);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  return record;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-void StrandQueue::pop(Record::strandType strand) const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++void StrandQueue::pop(Record::strandType strand) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   switch (strand) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   case Record::FORWARD:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           if (_queues[0]->empty()) return;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -95,7 +95,7 @@ void StrandQueue::push(Record *record) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-size_t StrandQueue::size() const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++size_t StrandQueue::size() {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   size_t sumSize = 0;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   for (int i = 0; i < NUM_QUEUES; i++) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           sumSize += _queues[i]->size();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -103,7 +103,7 @@ size_t StrandQueue::size() const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   return sumSize;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-bool StrandQueue::empty() const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++bool StrandQueue::empty() {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   for (int i = 0; i < NUM_QUEUES; i++) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           if (!_queues[i]->empty()) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                   return false;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -113,7 +113,7 @@ bool StrandQueue::empty() const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-int StrandQueue::getMinIdx() const {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++int StrandQueue::getMinIdx() {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   if (empty()) return -1;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   const Record *minRec = NULL;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   int minIdx = -1;
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bedtools/files/patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.h.diff b/science/bedtools/files/patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.h.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..bf914af
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bedtools/files/patch-src-utils-FileRecordTools-Records-StrandQueue.h.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,35 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- src/utils/FileRecordTools/Records/StrandQueue.h.orig
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ src/utils/FileRecordTools/Records/StrandQueue.h
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -20,17 +20,17 @@ class StrandQueue {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   StrandQueue();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   ~StrandQueue();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  Record * top() const;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  Record * top();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   void pop();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  Record * top(Record::strandType strand) const;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  void pop(Record::strandType strand) const;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  Record * top(Record::strandType strand);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  void pop(Record::strandType strand);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   void push(Record *record);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  size_t size() const;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  bool empty() const;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  size_t size();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  bool empty();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ private:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ //        static RecordPtrSortFunctor _recSortFunctor;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  typedef priority_queue<Record *, vector<const Record *>, RecordPtrSortDescFunctor > queueType;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  typedef priority_queue<Record *, vector<Record *>, RecordPtrSortDescFunctor > queueType;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   vector<queueType *> _queues;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   static const int NUM_QUEUES = 3;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -39,7 +39,7 @@ class StrandQueue {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   //do, so we'll use a suggestion found in a forum, and put the enum values into a vector.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   vector<Record::strandType> _strandIdxs;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  int getMinIdx() const; //will return the idx of queue with the current min val.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  int getMinIdx(); //will return the idx of queue with the current min val.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ };
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>