<pre style='margin:0'>
David Strubbe (dstrubbe) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/5f4ed0fe73174b552002ce6ec639ceda1482e43b">https://github.com/macports/macports-ports/commit/5f4ed0fe73174b552002ce6ec639ceda1482e43b</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 5f4ed0f  gromacs: Variants for hwloc and threads, respecting choice for lapack.
</span>5f4ed0f is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 5f4ed0fe73174b552002ce6ec639ceda1482e43b
</span>Author: David Strubbe <dstrubbe@macports.org>
AuthorDate: Sun Feb 11 14:47:20 2018 -0800

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    gromacs: Variants for hwloc and threads, respecting choice for lapack.
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Stop opportunistic linking by adding hwloc variants. Use linear algebra portgroup setting for LAPACK as well as BLAS. Support for OpenMP threads. Put plumed patching into patch phase, not configure.
</span>---
 science/gromacs/Portfile | 25 +++++++++++--------------
 1 file changed, 11 insertions(+), 14 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/gromacs/Portfile b/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index d3bcf35..81e5578 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -12,6 +12,7 @@ PortGroup           linear_algebra 1.0
</span> name                gromacs
 # not all versions have patches available for plumed; subport's patch will fail if not there
 version             2016.4
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          science math
 license             LGPL-2.1
 maintainers         dstrubbe openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -40,7 +41,7 @@ depends_build-append \
</span> depends_lib-append  port:fftw-3-single port:libxml2 port:zlib
 
 # FIXME: enable use of avx when appropriate, instead of just SSE
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.args-append  -DGMX_SIMD:STRING="SSE4.1" -DBUILD_TESTING:BOOL=ON -DGMX_X11:BOOL=OFF
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.args-append  -DGMX_SIMD:STRING="SSE4.1" -DBUILD_TESTING:BOOL=ON -DGMX_X11:BOOL=OFF -DGMX_HWLOC:BOOL=OFF -DGMX_OPENMP:BOOL=OFF
</span> # boost?
 
 variant x11 description {Enable GMX view via X11} {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -48,16 +49,15 @@ variant x11 description {Enable GMX view via X11} {
</span>     depends_lib-append      port:xorg-libX11 port:xorg-libXext
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# FIXME: use threads.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#:info:configure -- Could NOT find OpenMP (missing:  OpenMP_C_FLAGS OpenMP_CXX_FLAGS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#:info:configure CMake Warning at cmake/gmxManageOpenMP.cmake:78 (message):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#:info:configure   The compiler you are using does not support OpenMP parallelism.  This might
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#:info:configure   hurt your performance a lot, in particular with GPUs.  Try using a more
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#:info:configure   recent version, or a different compiler.  For now, we are proceeding by
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#:info:configure   turning off OpenMP.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant hwloc description {Enable usage of HWLOC for hardware locality} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.args-replace  -DGMX_HWLOC:BOOL=OFF -DGMX_HWLOC:BOOL=ON
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant threads description {Enable usage of OpenMP} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.args-replace  -DGMX_OPENMP:BOOL=OFF -DGMX_OPENMP:BOOL=ON
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
 compilers.choose    cc cxx
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#-dragonegg
</span> mpi.setup
 
 test.run     yes
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -89,9 +89,7 @@ post-test {
</span> #For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
 #website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-## ADDITION FOR PLUMED SUBPORT
</span> subport gromacs-plumed {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span>     description    ${description}: \
       (THIS PORT INSTALLS A VERSION OF GROMACS PATCHED WITH PLUMED)
     long_description    ${long_description}: \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -107,7 +105,7 @@ subport gromacs-plumed {
</span> 
     depends_build-append   path:${prefix}/bin/plumed:plumed
     depends_lib-append     path:${prefix}/lib/libplumedKernel.dylib:plumed
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    pre-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    post-patch {
</span> # I need to execute with full path since PATH variable is not properly set here
 # Also notice that I am patching with runtime. Notice that 
 # plumed compiled for MacPorts has the hardcoded path also in the runtime patch.
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -123,14 +121,13 @@ to the path of libplumedKernel.dylib you can replace your own PLUMED library at
</span> By default, ${prefix}/lib/libplumedKernel.dylib is linked.
 "
 }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-## END ADDITION FOR PLUMED SUBPORT ONLY
</span> 
 linalg.setup  noveclibfort
 pre-configure {
     if {[mpi_variant_isset]} {
         configure.args-append  -DGMX_MPI:BOOL=ON -DMPIEXEC:STRING="${mpi.exec}"
     }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    configure.args-append      -DGMX_BLAS_USER="${linalglib}"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.args-append      -DGMX_BLAS_USER="${linalglib}" -DGMX_LAPACK_USER="${linalglib}"
</span> }
 
 variant double description "Build in double precision (much slower, use only if you really need it)" {
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>