<pre style='margin:0'>
Mojca Miklavec (mojca) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/b505e0c37285cd971a06156fc1a4da1aac537801">https://github.com/macports/macports-ports/commit/b505e0c37285cd971a06156fc1a4da1aac537801</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new b505e0c  pymol: restore use of -O3 optimization flag
</span>b505e0c is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit b505e0c37285cd971a06156fc1a4da1aac537801
</span>Author: jwhowarth <howarth.mailing.lists@gmail.com>
AuthorDate: Sat Apr 28 08:41:52 2018 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    pymol: restore use of -O3 optimization flag
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Fix lack of optimization in compiling pymol on clang compilers.
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Restores the previous -O3 optimization of pymol on darwin by passing -fno-strict-aliasing.
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Upstream stopped passing any optimization flags at all to pymol due to a compiler segfault
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    in compiling layer2/RepCylBond.cpp starting with OS X 10.9 and later.
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    See: https://sourceforge.net/p/pymol/bugs/205/
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    See: https://bugs.llvm.org/show_bug.cgi?id=37280
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Closes: https://trac.macports.org/ticket/56373
</span>---
 science/pymol/Portfile            |  5 +++--
 science/pymol/files/setup.py.diff | 29 +++++++++++++++++++++++++++++
 2 files changed, 32 insertions(+), 2 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/pymol/Portfile b/science/pymol/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 5cc332d..c42552a 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/pymol/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/pymol/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -7,6 +7,7 @@ PortGroup           compilers 1.0
</span> 
 name                pymol
 version             2.1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          science chemistry
 license             PSF
 maintainers         {gmail.com:howarth.at.macports @jwhowarth} openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -67,7 +68,8 @@ universal_variant   no
</span> patchfiles          pymol_shell.diff \
                     pmg_tk_platform.patch \
                     apbs-psize.patch  \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    pdb2pqr.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    pdb2pqr.patch \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    setup.py.diff
</span> 
 require_active_variants tcl "" corefoundation
 require_active_variants tk "" quartz
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -76,7 +78,6 @@ post-patch {
</span>     reinplace  "s|@PREFIX@|${prefix}|g" ${worksrcpath}/setup.py ${worksrcpath}/modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py
     reinplace  "s|@@PYTHON_PKGDIR@@|${python.pkgd}|g" ${worksrcpath}/setup/pymol_macports
     reinplace  "s|@@PYTHON_BINARY@@|${python.bin}|g" ${worksrcpath}/setup/pymol_macports
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace  "s|\"-O3\",|\"-O3\", \"-g\",|g" ${worksrcpath}/setup.py
</span>     reinplace  "s|cxx + \' \' + cxxflags|\'${configure.cxx} \' + cxxflags|g" ${worksrcpath}/monkeypatch_distutils.py
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/pymol/files/setup.py.diff b/science/pymol/files/setup.py.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..13ff744
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/pymol/files/setup.py.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,29 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Index: setup.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+===================================================================
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- setup.py       (revision 4187)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ setup.py       (working copy)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -87,7 +87,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     X11 = ['/usr/X11'] * (not options.osx_frameworks)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     if sys.platform == 'darwin':
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        for prefix in ['/sw', '/opt/local', '/usr/local']:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        for prefix in ['@PREFIX@', '/usr/local']:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+             if sys.executable.startswith(prefix):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                 return [prefix] + X11
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -392,12 +392,12 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     libs += ["GLEW"]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     libs += pyogl_libs
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    ext_comp_args += ["-ffast-math", "-funroll-loops", "-fcommon"]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    ext_comp_args += ["-ffast-math", "-funroll-loops", "-fcommon", "-O3"]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # optimization currently causes a clang segfault on OS X 10.9 when
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # compiling layer2/RepCylBond.cpp
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    if sys.platform != 'darwin':
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        ext_comp_args += ["-O3"]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    if sys.platform == 'darwin':
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        ext_comp_args += ["-fno-strict-aliasing"]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ def get_pymol_version():
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     return re.findall(r'_PyMOL_VERSION "(.*)"', open('layer0/Version.h').read())[0]
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>