<pre style='margin:0'>
Marcus Calhoun-Lopez (MarcusCalhoun-Lopez) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/6e7ed75a61f22bdecdde5a9c81fce7bbded60f2c">https://github.com/macports/macports-ports/commit/6e7ed75a61f22bdecdde5a9c81fce7bbded60f2c</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 6e7ed75  SuiteSparse: update 4.2.1->5.3.0
</span>6e7ed75 is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 6e7ed75a61f22bdecdde5a9c81fce7bbded60f2c
</span>Author: Marcus Calhoun-Lopez <mcalhoun@macports.org>
AuthorDate: Fri Jul 27 04:41:35 2018 -0700

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    SuiteSparse: update 4.2.1->5.3.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Fixes https://trac.macports.org/ticket/47903
</span>---
 lang/julia/Portfile                                |   9 +-
 math/SuiteSparse/Portfile                          | 457 ++++++++++-----------
 .../files/patch-CHOLMOD-Demo-Makefile.diff         |  13 -
 .../patch-CHOLMOD-Partition-choldmod_metis.c.diff  | 258 ------------
 .../files/patch-CHOLMOD_Lib_Makefile.diff          |  32 --
 math/SuiteSparse/files/patch-CSparse.diff          |  20 +
 math/SuiteSparse/files/patch-Mongoose.diff         |  28 ++
 .../files/patch-SPQR-Demo-Makefile.diff            |  12 -
 .../files/patch-SuiteSparce_config_Mac.mk.diff     |  57 ---
 .../files/patch-UMFPACK-Demo-Makefile.diff         |  12 -
 math/SuiteSparse/files/patch-shared_lib.diff       |  22 +
 math/ceres-solver/Portfile                         |  13 +-
 math/dolfin/Portfile                               |   4 +-
 math/octave/Portfile                               |  11 +-
 math/petsc/Portfile                                |  15 +-
 math/sundials/Portfile                             |   4 +-
 math/sundials2/Portfile                            |   4 +-
 math/superlu_dist/Portfile                         |  19 +-
 python/py-cvxopt/Portfile                          |   8 +-
 python/py-scikit-umfpack/Portfile                  |   3 +-
 python/py-sfepy/Portfile                           |   3 +-
 science/libbiosig/Portfile                         |   3 +-
 22 files changed, 355 insertions(+), 652 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/lang/julia/Portfile b/lang/julia/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index cdfc679..294b721 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/lang/julia/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/lang/julia/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -5,7 +5,7 @@ PortGroup           github 1.0
</span> PortGroup           compilers 1.0
 
 github.setup        JuliaLang julia 0.6.2 v
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            2
</span> categories-append   lang math science
 maintainers         {sean @seanfarley} openmaintainer
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -37,7 +37,12 @@ depends_lib-append  port:llvm-${llvm_ver} \
</span>     port:pcre2 \
     port:gmp \
     port:mpfr \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    port:SuiteSparse \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_UMFPACK \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_AMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_COLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_SPQR \
</span>     port:fftw-3 \
     port:fftw-3-single \
     port:ncurses \
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/Portfile b/math/SuiteSparse/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 56eb2cc..5a5f166 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/SuiteSparse/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,19 +1,16 @@
</span> # -*- coding: utf-8; mode: tcl; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4 -*- vim:fenc=utf-8:ft=tcl:et:sw=4:ts=4:sts=4
 
 PortSystem          1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-PortGroup           compilers 1.0
</span> 
 name                SuiteSparse
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-epoch               20120107
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-version             4.2.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+if {${subport} eq ${name}} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    epoch           20120107
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+version             5.3.0
</span> categories          math science
 platforms           darwin
 maintainers         {michaelld @michaelld} openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-license             GPL-2+ LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-compilers.choose    cc cpp cxx
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-compilers.setup
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+license             none
</span> 
 description         Sparse matrix routines
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -25,271 +22,265 @@ master_sites        http://faculty.cse.tamu.edu/davis/SuiteSparse/
</span> distname            SuiteSparse-${version}
 worksrcdir          ${name}
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  9a2fa65845564efad79311f2ff8573217bd79f0d \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  e8023850bc30742e20a3623fabda02421cb5774b980e3e7c9c6d9e7e864946bd
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  7f2f89488a56e99d44c0559f9394234a330becd7 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  90e69713d8c454da5a95a839aea5d97d8d03d00cc1f667c4bdfca03f640f963d \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    50500894
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# fix Mac configuration file
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+use_parallel_build  no
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles-append patch-SuiteSparce_config_Mac.mk.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.type      regex
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.version   ${version}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.regex     ${name}-(\\d+(\\.\\d+)*)${extract.suffix}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# get path ordering correct
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.optflags  -O3
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles-append patch-CHOLMOD_Lib_Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# see https://github.com/macports/macports-ports/pull/2292#issuecomment-408526461
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.cppflags-replace \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    -I${prefix}/include \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    -isystem${prefix}/include
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# Real -> RealPart; Imag -> ImagPart to work with some PPC
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport SuiteSparse_config {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 5.3.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license none
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles-append patch-KLU-Include-klu_version.h.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport SuiteSparse_GraphBLAS {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.0.3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license Apache-2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: graph algorithms in the language of linear algebra.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# use <metis/metis.h>, and a METIS-specific type (idx_t instead of
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# idxtype) and routine (METIS_ComputeVertexSeparator in place of
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# METIS_NodeComputeSeparator)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport SuiteSparse_Mongoose {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.0.2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    patchfiles-append patch-Mongoose.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license GPL-3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: graph partitioning.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles-append patch-CHOLMOD-Partition-choldmod_metis.c.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport SuiteSparse_AMD {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.4.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license BSD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: approximate minimum degree ordering.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# do not try to build METIS
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport SuiteSparse_BTF {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 1.2.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: permutation to block triangular form.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    patch-CHOLMOD-Demo-Makefile.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    patch-SPQR-Demo-Makefile.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    patch-UMFPACK-Demo-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport SuiteSparse_CAMD {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.4.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license BSD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: constrained approximate minimum degree ordering.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_CCOLAMD {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.9.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license BSD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: constrained column approximate minimum degree ordering.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # SuiteSparse does not use a configure script, so we have to set
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # configure variables manually.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_COLAMD {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.9.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license BSD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: column approximate minimum degree ordering.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set makefile ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_CHOLMOD {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    PortGroup linear_algebra 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    copy -force \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/SuiteSparse_config_Mac.mk \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 3.0.12
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config port:SuiteSparse_AMD port:SuiteSparse_CAMD port:SuiteSparse_COLAMD port:SuiteSparse_CCOLAMD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:metis
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.env-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        MY_METIS_LIB='-L${prefix}/lib -lmetis' \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        MY_METIS_INC='${prefix}/include'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    pre-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.env-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            BLAS='-L${prefix}/lib ${linalglib}' \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            LAPACK='-L${prefix}/lib ${linalglib}'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: sparse Cholesky factorization.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    linalg.setup noveclibfort
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # destroot, pretix, and build arch(es)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_CSparse {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    patchfiles-append patch-CSparse.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: a concise sparse matrix package.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@DESTROOT@|${destroot}|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@PREFIX@|${prefix}|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@ARCHES@|\$(TARGET_ARCH)|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_CXSparse {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 3.2.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: CSparse Extended.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # select BLAS and LAPACK
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_LDL {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.2.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: a very concise LDL' factorization package.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set BLAS "${prefix}/lib/libvecLibFort.dylib"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    if {[variant_isset atlas]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        # Threaded lib gets priority over non-threaded (ppc)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        if {[file exists ${prefix}/lib/libtatlas.dylib]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            # linking to the threaded dylib, is there a reason to use non-threaded?
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            set BLAS "${prefix}/lib/libtatlas.dylib"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            set BLAS "${prefix}/lib/libsatlas.dylib"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    } elseif {[variant_isset openblas]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        set BLAS "${prefix}/lib/libopenblas.dylib"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@BLAS_LAPACK@|${BLAS}|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_KLU {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 1.3.8
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config port:SuiteSparse_AMD port:SuiteSparse_BTF port:SuiteSparse_COLAMD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license LGPL-2.1+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: sparse LU factorization, primarily for circuit simulation.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    patchfiles-append patch-KLU-Include-klu_version.h.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # select METIS usage, per the variant
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_UMFPACK {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    PortGroup linear_algebra 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set METIS_PATH ""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set METIS ""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set CHOLMOD_CONFIG "-DNPARTITION"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    if {[variant_isset metis]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        set METIS_PATH "${prefix}"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        set METIS "${prefix}/lib/libmetis.dylib"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        set CHOLMOD_CONFIG "\$(GPU_CONFIG)"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 5.7.7
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config port:SuiteSparse_AMD port:SuiteSparse_CHOLMOD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    pre-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.env-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            BLAS='-L${prefix}/lib ${linalglib}' \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            LAPACK='-L${prefix}/lib ${linalglib}'
</span>     }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@METIS_PATH@|${METIS_PATH}|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@METIS@|${METIS}|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    reinplace "s|@CHOLMOD_CONFIG@|${CHOLMOD_CONFIG}|g" ${makefile}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license GPL-2+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: sparse LU factorization.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    linalg.setup noveclibfort
</span> }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-use_parallel_build  no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-pre-build {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    build.args-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        CC="${configure.cc} ${configure.cflags}" \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        CXX="${configure.cxx} ${configure.cxxflags}" \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        TARGET_ARCH="[get_canonical_archflags]"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_RBio {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.2.6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license GPL-2+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: read/write sparse matrices in Rutherford/Boeing format.
</span> }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-build.target        default
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subport    SuiteSparse_SPQR {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    PortGroup linear_algebra 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-post-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # Create a dylib from all .a static libs
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set metis ""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    if {[variant_isset metis]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        catch {exec port installed metis} output
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        if {[string match *+openmp* ${output}]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            # metis installed with +openmp variant
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            set metis "-lmetis -fopenmp"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            set metis "-lmetis"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    version 2.0.8
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append port:SuiteSparse_config port:SuiteSparse_AMD port:SuiteSparse_CHOLMOD port:SuiteSparse_COLAMD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    pre-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.env-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            BLAS='-L${prefix}/lib ${linalglib}' \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            LAPACK='-L${prefix}/lib ${linalglib}'
</span>     }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    license GPL-2+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    long_description-append ${subport}: sparse QR factorization.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    linalg.setup noveclibfort
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set atlas "-lvecLibFort"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    if {[variant_isset atlas]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        if {[file exists ${prefix}/lib/libtatlas.dylib]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            set atlas "-ltatlas"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            set atlas "-lsatlas"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    } elseif {[variant_isset openblas]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        set atlas "-lopenblas"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+if {${subport} eq ${name}} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_config \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_GraphBLAS \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_Mongoose \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_AMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_BTF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CCOLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_COLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CSparse \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CXSparse \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_LDL \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_KLU \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_UMFPACK \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_RBio \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_SPQR
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    master_sites
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    distfiles
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    use_configure     no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    supported_archs   noarch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    installs_libs     no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    universal_variant no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    build {}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    # create a dummy file so the port can be successfully activated
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        xinstall -d -m 0755 ${destroot}${prefix}/share/doc/${subport}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        set docfile   [open ${destroot}${prefix}/share/doc/${subport}/README.txt "w"]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        puts ${docfile} "Meta-port for ${name}"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        puts ${docfile} "${long_description}"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        close ${docfile}
</span>     }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+} else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    PortGroup compilers 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set major [join [lrange [split ${version} .] 0 0] .]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set libs [list libamd.dylib libbtf.dylib libcamd.dylib libccolamd.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                   libcholmod.dylib libcolamd.dylib libcxsparse.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                   libklu.dylib libldl.dylib librbio.dylib libspqr.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                   libsuitesparseconfig.dylib libumfpack.dylib]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # check the version number of each package
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(amd)      2.4.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(camd)     2.4.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(btf)      1.2.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(ccolamd)  2.9.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(colamd)   2.9.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(cholmod)  3.0.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(cxsparse) 3.1.3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(klu)      1.3.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(ldl)      2.2.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(rbio)     2.2.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(spqr)     1.3.2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    set sversion(umfpack)  5.7.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${worksrcpath}/SuiteSparse_config "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -dynamiclib -Wl,-all_load \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -o libsuitesparseconfig.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -compatibility_version ${major} -current_version ${version} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -install_name ${prefix}/lib/libsuitesparseconfig.${version}.dylib *.a"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    foreach l {AMD BTF CAMD CCOLAMD COLAMD CXSparse LDL RBio} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        system -W ${worksrcpath}/$l/Lib "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            -dynamiclib -Wl,-all_load -L${prefix}/lib ${atlas} ${metis} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            ../../SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            -o lib[string tolower $l].$sversion([string tolower $l]).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            -compatibility_version \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            [join [lrange [split $sversion([string tolower $l]) .] 0 0] .] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            -current_version $sversion([string tolower $l]) \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            -install_name ${prefix}/lib/lib[string tolower $l].$sversion([string tolower $l]).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            *.o"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    compilers.choose cc cpp cxx
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    compilers.setup
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${worksrcpath}/CHOLMOD/Lib "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -dynamiclib -Wl,-all_load -L${prefix}/lib ${atlas} ${metis} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../AMD/Lib/libamd.$sversion(amd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../CAMD/Lib/libcamd.$sversion(camd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../COLAMD/Lib/libcolamd.$sversion(colamd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../CCOLAMD/Lib/libccolamd.$sversion(ccolamd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -o libcholmod.$sversion(cholmod).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -compatibility_version \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        [join [lrange [split $sversion(cholmod) .] 0 0] .] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -current_version $sversion(cholmod) \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -install_name ${prefix}/lib/libcholmod.$sversion(cholmod).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        *.o"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${worksrcpath}/KLU/Lib "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -dynamiclib -Wl,-all_load -L${prefix}/lib ${atlas} ${metis} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../AMD/Lib/libamd.$sversion(amd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../BTF/Lib/libbtf.$sversion(btf).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../COLAMD/Lib/libcolamd.$sversion(colamd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -o libklu.$sversion(klu).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -compatibility_version \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        [join [lrange [split $sversion(klu) .] 0 0] .] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -install_name ${prefix}/lib/libklu.$sversion(klu).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        *.o"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${worksrcpath}/SPQR/Lib "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -dynamiclib -Wl,-all_load -L${prefix}/lib ${atlas} ${metis} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../AMD/Lib/libamd.$sversion(amd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../CHOLMOD/Lib/libcholmod.$sversion(cholmod).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../COLAMD/Lib/libcolamd.$sversion(colamd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -o libspqr.$sversion(spqr).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -compatibility_version \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        [join [lrange [split $sversion(spqr) .] 0 0] .] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -install_name ${prefix}/lib/libspqr.$sversion(spqr).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        *.o"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${worksrcpath}/UMFPACK/Lib "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -dynamiclib -Wl,-all_load -L${prefix}/lib ${atlas} ${metis} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../AMD/Lib/libamd.$sversion(amd).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ../../CHOLMOD/Lib/libcholmod.$sversion(cholmod).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -o libumfpack.$sversion(umfpack).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -compatibility_version \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        [join [lrange [split $sversion(umfpack) .] 0 0] .] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -install_name ${prefix}/lib/libumfpack.$sversion(umfpack).dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        *.o"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    copy ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.${version}.dylib ${destroot}${prefix}/lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    ln -s libsuitesparseconfig.${version}.dylib ${destroot}${prefix}/lib/libsuitesparseconfig.dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    foreach l {AMD BTF CAMD CCOLAMD CHOLMOD COLAMD CXSparse KLU LDL RBio SPQR UMFPACK} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        copy ${worksrcpath}/$l/Lib/lib[string tolower $l].$sversion([string tolower $l]).dylib ${destroot}${prefix}/lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ln -s lib[string tolower $l].$sversion([string tolower $l]).dylib ${destroot}${prefix}/lib/lib[string tolower $l].dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    if {${subport} eq "SuiteSparse_config"} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        set SuiteSparse_name ${subport}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        set SuiteSparse_name [join [lindex [split ${subport} _] 1 end]]
</span>     }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${destroot}${prefix}/lib "\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${configure.cxx} -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cxx] -dynamiclib -Wl,-all_load \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -L${prefix}/lib ${atlas} ${metis} ${libs} -o lib${name}.${version}.dylib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -compatibility_version ${major} -current_version ${version} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        -install_name ${prefix}/lib/lib${name}.${version}.dylib"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    ln -s lib${name}.${version}.dylib ${destroot}${prefix}/lib/lib${name}.dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    ln -s lib${name}.${version}.dylib ${destroot}${prefix}/lib/lib${name}.${major}.dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # install documentation
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    xinstall -m 755 -d ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    xinstall -m 644 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        {*}[glob ${worksrcpath}/*/Doc/*.pdf] \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    if {${subport} eq "SuiteSparse_GraphBLAS" || ${subport} eq "SuiteSparse_Mongoose"} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        PortGroup cmake 1.1
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-variant metis description {Include METIS for graph partitioning and sparse matrix ordering} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append port:metis
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        cmake.source_dir ${worksrcpath}/${SuiteSparse_name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        if {${subport} eq "SuiteSparse_config"} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            build.dir     ${worksrcpath}/${SuiteSparse_name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            build.dir     ${worksrcpath}/${SuiteSparse_name}/Lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        destroot.dir  ${build.dir}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-variant accelerate description {use BLAS from Apple's Accelerate.framework} conflicts atlas openblas {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append port:vecLibFort
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        patchfiles-append   patch-shared_lib.diff
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-variant atlas description {use BLAS from MacPorts' atlas port} conflicts accelerate openblas {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append port:atlas
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.env-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            OPTIMIZATION=${configure.optflags}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.optflags
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # +atlas requires atlas to be installed without +nofortran
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # see: https://trac.macports.org/ticket/47007
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    PortGroup active_variants 1.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    require_active_variants port:atlas "" nofortran
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.universal_cflags
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.cc_archflags
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.universal_cxxflags
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.cxx_archflags
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        pre-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            configure.env-append TARGET_ARCH='[get_canonical_archflags ld]'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        }
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.cmd       printenv
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.pre_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.universal_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.post_args {> SuiteSparse_config/SuiteSparse_config_macports.mk}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        post-configure {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            move ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/SuiteSparse_config_temp.mk
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            move ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/SuiteSparse_config_macports.mk ${worksrcpath}/SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            system -W "${worksrcpath}/SuiteSparse_config/" "cat SuiteSparse_config_temp.mk >> SuiteSparse_config.mk"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        }
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-variant openblas description {use BLAS from MacPorts' openblas port} conflicts accelerate atlas {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append path:lib/libopenblas.dylib:OpenBLAS
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.install \$(DESTDIR)${prefix}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.env-append MACPORTS_PREFIX=${prefix}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        configure.env-append INSTALL_DOC=\$(INSTALL)/share/doc/suitesparse
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # LAPACK required
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    PortGroup active_variants 1.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    require_active_variants path:lib/libopenblas.dylib:OpenBLAS lapack
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        if {${subport} eq "SuiteSparse_CSparse"} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            build.target all
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        } else {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            build.target default
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        }
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-if {![variant_isset accelerate] && ![variant_isset openblas] && ![variant_isset atlas] } {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    default_variants-append +accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        post-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            xinstall -m 644 {*}[glob ${destroot.dir}/*.a] ${destroot}${prefix}/lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    }
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-if {![variant_isset accelerate] && ![variant_isset openblas] && ![variant_isset atlas] } {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    ui_error "\n\nYou must select either the +accelerate, +atlas, or +openblas variant.\n"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    return -code error "Invalid variant selection"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    # see https://trac.macports.org/wiki/PortfileRecipes#deactivatehack
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    pre-activate {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        if {![catch {set installed [lindex [registry_active SuiteSparse] 0]}]} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            set _version [lindex $installed 1]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            if {[vercmp $_version 5.3.0] < 0} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                registry_deactivate_composite SuiteSparse "" [list ports_nodepcheck 1]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+            }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    }
</span> }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-livecheck.type      regex
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-livecheck.regex     ${name}-(\\d+(\\.\\d+)*)${extract.suffix}
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD-Demo-Makefile.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD-Demo-Makefile.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index e6bea5f..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD-Demo-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,13 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- CHOLMOD/Demo/Makefile.orig     2013-10-24 12:24:48.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ CHOLMOD/Demo/Makefile  2013-10-24 12:31:19.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -98,10 +98,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   ( cd ../../CCOLAMD ; $(MAKE) library )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   ( cd ../../CAMD ; $(MAKE) library )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--ifneq (,$(findstring -DNPARTITION, $(CONFIG)))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--else
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  ( cd $(METIS_PATH) && $(MAKE) )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #-------------------------------------------------------------------------------
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD-Partition-choldmod_metis.c.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD-Partition-choldmod_metis.c.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 2537fc7..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD-Partition-choldmod_metis.c.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,258 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- CHOLMOD/Partition/cholmod_metis.c.orig 2013-10-24 12:21:14.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ CHOLMOD/Partition/cholmod_metis.c      2013-10-24 13:52:05.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -48,7 +48,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #include "cholmod_internal.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #undef ASSERT
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--#include "metis.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+#include <metis.h>
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- /* METIS has its own ASSERT that it reveals to the user, so remove it here: */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #undef ASSERT
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -75,7 +75,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #ifdef DUMP_GRAPH
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #include <stdio.h>
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- /* After dumping the graph with this routine, run "onmetis metisgraph" */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--static void dumpgraph (idxtype *Mp, idxtype *Mi, SuiteSparse_long n,
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+static void dumpgraph (idx_t *Mp, idx_t *Mi, SuiteSparse_long n,
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     cholmod_common *Common)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     SuiteSparse_long i, j, p, nz ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -161,7 +161,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     s = GUESS ((double) nz, (double) n) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     s *= Common->metis_memory ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (s * sizeof (idxtype) >= ((double) Size_max))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (s * sizeof (idx_t) >= ((double) Size_max))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* don't even attempt to malloc such a large block */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   return (FALSE) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -172,7 +172,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     metis_guard *= Common->metis_memory ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* attempt to malloc the block */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    p = CHOLMOD(malloc) (metis_guard, sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    p = CHOLMOD(malloc) (metis_guard, sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     if (p == NULL)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* failure - return out-of-memory condition */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -180,7 +180,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* success - free the block */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    CHOLMOD(free) (metis_guard, sizeof (idxtype), p, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    CHOLMOD(free) (metis_guard, sizeof (idx_t), p, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     return (TRUE) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -210,7 +210,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     Int *Ap, *Ai ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    idxtype *Mp, *Mi, *Mnw, *Mew, *Mpart ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    idx_t *Mp, *Mi, *Mnw, *Mew, *Mpart ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     Int n, nleft, nright, j, p, csep, total_weight, lightest, nz ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     int Opt [8], nn, csp ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     size_t n1 ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -259,7 +259,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #ifdef LONG
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (sizeof (Int) > sizeof (idxtype) && MAX (n,nz) > INT_MAX / sizeof (int))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (sizeof (Int) > sizeof (idx_t) && MAX (n,nz) > INT_MAX / sizeof (int))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* CHOLMOD's matrix is too large for METIS */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   return (EMPTY) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -282,34 +282,34 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     DEBUG (for (j = 0 ; j < n ; j++) ASSERT (Anw [j] > 0)) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    /* copy Int to METIS idxtype, if necessary */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    /* copy Int to METIS idx_t, if necessary */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     DEBUG (for (j = 0 ; j < nz ; j++) ASSERT (Aew [j] > 0)) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (sizeof (Int) == sizeof (idxtype))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (sizeof (Int) == sizeof (idx_t))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* this is the typical case */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mi    = (idxtype *) Ai ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mew   = (idxtype *) Aew ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mp    = (idxtype *) Ap ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mnw   = (idxtype *) Anw ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mpart = (idxtype *) Partition ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mi    = (idx_t *) Ai ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mew   = (idx_t *) Aew ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mp    = (idx_t *) Ap ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mnw   = (idx_t *) Anw ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mpart = (idx_t *) Partition ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     else
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  /* idxtype and Int differ; copy the graph into the METIS idxtype */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mi    = CHOLMOD(malloc) (nz, sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mew   = CHOLMOD(malloc) (nz, sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mp    = CHOLMOD(malloc) (n1, sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mnw   = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mpart = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  /* idx_t and Int differ; copy the graph into the METIS idx_t */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mi    = CHOLMOD(malloc) (nz, sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mew   = CHOLMOD(malloc) (nz, sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mp    = CHOLMOD(malloc) (n1, sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mnw   = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mpart = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   if (Common->status < CHOLMOD_OK)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mi,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mew,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idxtype), Mp,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mnw,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mpart, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mi,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mew,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idx_t), Mp,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mnw,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mpart, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-       return (EMPTY) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   for (p = 0 ; p < nz ; p++)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -337,13 +337,13 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     if (!metis_memory_ok (n, nz, Common))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* METIS might ask for too much memory and thus terminate the program */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  if (sizeof (Int) != sizeof (idxtype))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  if (sizeof (Int) != sizeof (idx_t))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mi,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mew,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idxtype), Mp,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mnw,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mpart, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mi,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mew,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idx_t), Mp,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mnw,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mpart, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   return (EMPTY) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -369,27 +369,27 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     nn = n ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    METIS_NodeComputeSeparator (&nn, Mp, Mi, Mnw, Mew, Opt, &csp, Mpart) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    METIS_ComputeVertexSeparator (&nn, Mp, Mi, Mnw, Opt, &csp, Mpart) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     n = nn ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     csep = csp ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     PRINT1 (("METIS csep "ID"\n", csep)) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    /* copy the results back from idxtype, if required */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    /* copy the results back from idx_t, if required */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (sizeof (Int) != sizeof (idxtype))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (sizeof (Int) != sizeof (idx_t))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   for (j = 0 ; j < n ; j++)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-       Partition [j] = Mpart [j] ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mi,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mew,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idxtype), Mp,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mnw,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mpart, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mi,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mew,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idx_t), Mp,    Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mnw,   Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mpart, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -507,7 +507,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     double d ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     Int *Iperm, *Iwork, *Bp, *Bi ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    idxtype *Mp, *Mi, *Mperm, *Miperm ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    idx_t *Mp, *Mi, *Mperm, *Miperm ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     cholmod_sparse *B ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     Int i, j, n, nz, p, identity, uncol ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     int Opt [8], nn, zero = 0 ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -600,7 +600,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #ifdef LONG
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (sizeof (Int) > sizeof (idxtype) && MAX (n,nz) > INT_MAX / sizeof (int))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (sizeof (Int) > sizeof (idx_t) && MAX (n,nz) > INT_MAX / sizeof (int))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* CHOLMOD's matrix is too large for METIS */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   CHOLMOD(free_sparse) (&B, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -629,29 +629,29 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* allocate the METIS input arrays, if needed */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (sizeof (Int) == sizeof (idxtype))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (sizeof (Int) == sizeof (idx_t))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   /* This is the typical case. */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Miperm = (idxtype *) Iperm ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mperm  = (idxtype *) Perm ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mp     = (idxtype *) Bp ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mi     = (idxtype *) Bi ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Miperm = (idx_t *) Iperm ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mperm  = (idx_t *) Perm ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mp     = (idx_t *) Bp ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mi     = (idx_t *) Bi ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     else
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  /* allocate graph for METIS only if Int and idxtype differ */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Miperm = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mperm  = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mp     = CHOLMOD(malloc) (n1, sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  Mi     = CHOLMOD(malloc) (nz, sizeof (idxtype), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  /* allocate graph for METIS only if Int and idx_t differ */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Miperm = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mperm  = CHOLMOD(malloc) (n,  sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mp     = CHOLMOD(malloc) (n1, sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  Mi     = CHOLMOD(malloc) (nz, sizeof (idx_t), Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   if (Common->status < CHOLMOD_OK)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-       /* out of memory */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-       CHOLMOD(free_sparse) (&B, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Miperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idxtype), Mperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idxtype), Mp, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idxtype), Mi, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Miperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n,  sizeof (idx_t), Mperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (n1, sizeof (idx_t), Mp, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+      CHOLMOD(free) (nz, sizeof (idx_t), Mi, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-       return (FALSE) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   for (j = 0 ; j <= n ; j++)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -740,16 +740,16 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* free the METIS input arrays */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     /* ---------------------------------------------------------------------- */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    if (sizeof (Int) != sizeof (idxtype))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    if (sizeof (Int) != sizeof (idx_t))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   for (i = 0 ; i < n ; i++)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-       Perm [i] = (Int) (Mperm [i]) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (n,   sizeof (idxtype), Miperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (n,   sizeof (idxtype), Mperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (n+1, sizeof (idxtype), Mp, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CHOLMOD(free) (nz,  sizeof (idxtype), Mi, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (n,   sizeof (idx_t), Miperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (n,   sizeof (idx_t), Mperm, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (n+1, sizeof (idx_t), Mp, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CHOLMOD(free) (nz,  sizeof (idx_t), Mi, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     CHOLMOD(free_sparse) (&B, Common) ;
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD_Lib_Makefile.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD_Lib_Makefile.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index a14f4c2..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/files/patch-CHOLMOD_Lib_Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,32 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- CHOLMOD/Lib/Makefile.orig      2013-10-24 11:40:26.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ CHOLMOD/Lib/Makefile   2013-10-24 12:18:47.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -22,8 +22,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             # CAMD and CCOLAMD are requested and available
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             LIB_WITH_PARTITION = \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                         ../../CCOLAMD/Lib/libccolamd.a ../../CAMD/Lib/libcamd.a
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--            I_WITH_PARTITION = \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--                        -I../../CCOLAMD/Include -I../../CAMD/Include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+            I_WITH_PARTITION =
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             CONFIG = -DNPARTITION
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             # check if METIS is requested and available
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             ifeq (,$(findstring -DNPARTITION, $(CHOLMOD_CONFIG)))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -32,8 +31,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                     # METIS is available
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                     LIB_WITH_PARTITION = $(METIS) \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                         ../../CCOLAMD/Lib/libccolamd.a ../../CAMD/Lib/libcamd.a
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--                    I_WITH_PARTITION = -I$(METIS_PATH)/Lib \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--                        -I../../CCOLAMD/Include -I../../CAMD/Include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+                    I_WITH_PARTITION = -I$(METIS_PATH)/include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                     CONFIG =
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                 endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -44,7 +42,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #-------------------------------------------------------------------------------
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- I = -I../../AMD/Include -I../../AMD/Source -I../../COLAMD/Include \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  $(I_WITH_PARTITION) -I../Include -I../../SuiteSparse_config
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  -I../Include -I../../SuiteSparse_config \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  -I../../CCOLAMD/Include -I../../CAMD/Include $(I_WITH_PARTITION)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #-------------------------------------------------------------------------------
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-CSparse.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-CSparse.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..a7e1160
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/SuiteSparse/files/patch-CSparse.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,20 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- CSparse/Lib/Makefile.orig      2017-12-23 11:00:31.000000000 -0800
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ CSparse/Lib/Makefile   2018-07-06 10:07:00.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -15,6 +15,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # CSparse/Lib.  It does not install it for system-wide usage.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ LIBRARY = libcsparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++include ../../SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ CF = $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) $(TARGET_ARCH) -O
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ I = -I../Include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- CSparse/Demo/Makefile.orig     2017-12-23 11:05:19.000000000 -0800
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ CSparse/Demo/Makefile  2018-07-06 10:16:29.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -1,3 +1,5 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++include ../../SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ CF = $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) $(TARGET_ARCH) -O
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ I = -I../Include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-Mongoose.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-Mongoose.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..a10cc74
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/SuiteSparse/files/patch-Mongoose.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,28 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- Mongoose/CMakeLists.txt.orig   2018-07-05 12:06:44.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ Mongoose/CMakeLists.txt        2018-07-08 10:43:10.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -354,14 +354,14 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ message(STATUS "CMAKE_CXX_COMPILER: " ${BoldBlue} ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} ${ColourReset})
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ if ("${CMAKE_CXX_COMPILER_ID}" STREQUAL "Clang" OR "${CMAKE_CXX_COMPILER_ID}" STREQUAL "AppleClang")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # using Clang
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    SET(CMAKE_CXX_FLAGS "-O3 -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    SET(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # Debug flags for Clang
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG "--coverage -g -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG "--coverage -g")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     SET(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS_DEBUG "--coverage -g")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ elseif ("${CMAKE_CXX_COMPILER_ID}" STREQUAL "GNU")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # using GCC
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    SET(CMAKE_CXX_FLAGS "-O3 -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    SET(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # Debug flags for GCC
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     if (CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "4.6")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++0x")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -372,7 +372,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     SET(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS_DEBUG "-fprofile-arcs -ftest-coverage")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ elseif ("${CMAKE_CXX_COMPILER_ID}" STREQUAL "Intel")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # using Intel C++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    SET(CMAKE_CXX_FLAGS "-O3 -no-prec-div -xHOST -ipo -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    SET(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -no-prec-div -xHOST -ipo -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     # Debug flags for Intel
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG "-g -O0 -Wall -fwrapv")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG "-g -O0 -Wall")
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-SPQR-Demo-Makefile.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-SPQR-Demo-Makefile.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index cdda18b..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/files/patch-SPQR-Demo-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,12 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- SPQR/Demo/Makefile.orig        2013-10-24 12:27:42.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ SPQR/Demo/Makefile     2013-10-24 12:27:57.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -127,9 +127,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- ../../CAMD/Lib/libcamd.a:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   - ( cd ../../CAMD && $(MAKE) library )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--$(METIS):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  ( cd $(METIS_PATH) && $(MAKE) )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- library: $(CLIB)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- purge: distclean
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-SuiteSparce_config_Mac.mk.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-SuiteSparce_config_Mac.mk.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 385990d..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/files/patch-SuiteSparce_config_Mac.mk.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,57 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- SuiteSparse_config/SuiteSparse_config_Mac.mk.orig      2013-10-24 11:47:48.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ SuiteSparse_config/SuiteSparse_config_Mac.mk   2013-10-24 12:04:00.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -84,8 +84,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # LIB = -lm
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # For "make install"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--INSTALL_LIB = /usr/local/lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--INSTALL_INCLUDE = /usr/local/include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+INSTALL_LIB = @DESTROOT@@PREFIX@/lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+INSTALL_INCLUDE = @DESTROOT@@PREFIX@/include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # Which version of MAKE you are using (default is "make")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # MAKE = make
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -108,8 +108,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # naming the BLAS and LAPACK library (*.a or *.so) files.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # This is probably slow ... it might connect to the Standard Reference BLAS:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--BLAS = -lblas -lgfortran
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--LAPACK = -llapack
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+# BLAS = -lblas -lgfortran
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+# LAPACK = -llapack
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # NOTE: this next option for the "Goto BLAS" has nothing to do with a "goto"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # statement.  Rather, the Goto BLAS is written by Dr. Kazushige Goto.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -164,8 +164,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # The path is relative to where it is used, in CHOLMOD/Lib, CHOLMOD/MATLAB, etc.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # You may wish to use an absolute path.  METIS is optional.  Compile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # CHOLMOD with -DNPARTITION if you do not wish to use METIS.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--METIS_PATH = ../../metis-4.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--METIS = ../../metis-4.0/libmetis.a
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+METIS_PATH = @METIS_PATH@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+METIS = @METIS@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #------------------------------------------------------------------------------
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # UMFPACK configuration:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -225,7 +225,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # -DNSUNPERF          for Solaris only.  If defined, do not use the Sun
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #                 Performance Library
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--CHOLMOD_CONFIG = $(GPU_CONFIG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+CHOLMOD_CONFIG = @CHOLMOD_CONFIG@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # uncomment this line to compile CHOLMOD without METIS:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # CHOLMOD_CONFIG = -DNPARTITION
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -313,9 +313,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # on my MacBook Air, and they work fine.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   F77 = gfortran
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CF = $(CFLAGS) -O3 -fno-common -fexceptions -DNTIMER
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  BLAS = -framework Accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  LAPACK = -framework Accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  CF = @ARCHES@ $(CFLAGS) -O3 -fno-common -fexceptions -DNTIMER
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  BLAS = @BLAS_LAPACK@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  LAPACK = @BLAS_LAPACK@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   LIB = -lm
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #------------------------------------------------------------------------------
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-UMFPACK-Demo-Makefile.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-UMFPACK-Demo-Makefile.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 03afd66..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/SuiteSparse/files/patch-UMFPACK-Demo-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,12 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- UMFPACK/Demo/Makefile.orig     2013-10-24 12:27:21.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ UMFPACK/Demo/Makefile  2013-10-24 12:27:25.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -80,9 +80,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- ../../CAMD/Lib/libcamd.a:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   - ( cd ../../CAMD && $(MAKE) library )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--$(METIS):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  ( cd $(METIS_PATH) && $(MAKE) )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- UMFPACK = ../Lib/libumfpack.a ../../AMD/Lib/libamd.a \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     ../../SuiteSparse_config/libsuitesparseconfig.a \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     $(LIB_WITH_CHOLMOD) $(LIB_WITH_PARTITION)
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/SuiteSparse/files/patch-shared_lib.diff b/math/SuiteSparse/files/patch-shared_lib.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..ecff685
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/SuiteSparse/files/patch-shared_lib.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,22 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk.orig  2018-03-15 07:38:22.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk       2018-07-06 15:21:40.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -360,8 +360,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         # command line in the Terminal, before doing 'make':
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         # xcode-select --install
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         CF += -fno-common
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        BLAS = -framework Accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        LAPACK = -framework Accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        BLAS ?= -framework Accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        LAPACK ?= -framework Accelerate
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         # OpenMP is not yet supported by default in clang
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         CFOPENMP =
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -451,7 +451,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         SO_PLAIN  = $(LIBRARY).dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         SO_MAIN   = $(LIBRARY).$(SO_VERSION).dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         SO_TARGET = $(LIBRARY).$(VERSION).dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        SO_OPTS  += -dynamiclib -compatibility_version $(SO_VERSION) \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        SO_OPTS  += -dynamiclib -compatibility_version $(SO_VERSION) -install_name $(MACPORTS_PREFIX)/lib/$(SO_MAIN) \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                     -current_version $(VERSION) \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                     -shared -undefined dynamic_lookup
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         # When a Mac *.dylib file is moved, this command is required
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/ceres-solver/Portfile b/math/ceres-solver/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index ccc49b6..e497152 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/ceres-solver/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/ceres-solver/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -4,7 +4,7 @@ PortGroup           compiler_blacklist_versions 1.0
</span> 
 name                ceres-solver
 version             1.14.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          math
 platforms           darwin
 license             BSD
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -23,7 +23,16 @@ checksums           rmd160  e2ecbffc4c8364c24edbf91796f547d1980979d9 \
</span> # internal compiler error with this version of clang
 compiler.blacklist {clang == 421.11.66}
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib-append  port:eigen3 port:SuiteSparse port:metis port:gflags port:google-glog
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:eigen3 port:metis port:gflags port:google-glog
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_config \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_AMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_COLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CCOLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_SPQR \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CXSparse
</span> 
 configure.args-append -DBUILD_TESTING=OFF -DBUILD_EXAMPLES=OFF
 
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/dolfin/Portfile b/math/dolfin/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index bb5c4b2..cbcb716 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/dolfin/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/dolfin/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -6,7 +6,7 @@ PortGroup           cmake 1.0
</span> PortGroup           mpi 1.0
 
 bitbucket.setup     fenics-project dolfin 2017.2.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          math
 license             LGPL-3+
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -116,7 +116,7 @@ variant scotch description {Build with SCOTCH interface} {
</span> }
 
 variant suitesparse description {Build with SuiteSparse interface} {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append    port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append    port:SuiteSparse_UMFPACK port:SuiteSparse_AMD
</span>     configure.args-delete -DDOLFIN_ENABLE_CHOLMOD:BOOL=OFF \
                           -DDOLFIN_ENABLE_UMFPACK:BOOL=OFF
     configure.args-append -DDOLFIN_ENABLE_CHOLMOD:BOOL=ON \
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/octave/Portfile b/math/octave/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 62de4c0..785c35e 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/octave/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/octave/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -13,7 +13,7 @@ compiler.blacklist-append   {*gcc-4.6} {clang < 700}
</span> name                octave
 version             4.4.0
 set package_version 4.x.x
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            5
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            6
</span> categories          math science
 platforms           darwin
 license             GPL-3+
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -315,7 +315,14 @@ depends_lib-append   port:pcre
</span> #--without-cholmod
 #--without-cxsparse
 #--without-umfpack
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib-append  port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_config \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_AMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_COLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_CXSparse \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    port:SuiteSparse_UMFPACK
</span> foreach lib {amd camd colamd cholmod cxsparse umfpack} {
     configure.args-append \
         --with-${lib}="-l${lib} -lsuitesparseconfig"
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/petsc/Portfile b/math/petsc/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index c4f10bb..5cf13e0 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/petsc/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/petsc/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -5,7 +5,7 @@ PortGroup           bitbucket 1.0
</span> PortGroup           mpi 1.0
 
 bitbucket.setup     petsc petsc 3.8.3 v
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          math science
 maintainers         {sean @seanfarley}
 license             BSD
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -114,8 +114,17 @@ variant hwloc description {Build with hwloc} conflicts complex {
</span>     configure.args-append --with-hwloc-dir=${prefix}
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-variant suitesparse description {Build with CHOLDMOD and UMFPACK} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append    port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant suitesparse description {Build with CHOLMOD and UMFPACK} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append    \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_AMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_BTF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CCOLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_COLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_KLU \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_UMFPACK \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_config
</span>     configure.args-append --with-suitesparse-dir=${prefix}
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/sundials/Portfile b/math/sundials/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 3ff22765..f022eae 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/sundials/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/sundials/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -6,7 +6,7 @@ PortGroup           mpi 1.0
</span> 
 name                sundials
 version             3.1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            2
</span> categories          math devel
 license             bsd
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -37,7 +37,7 @@ conflicts           sundials2
</span> # use default cmake behavior to find Lapack
 patchfiles-append   patch-find_lapack.diff
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib-append  port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:SuiteSparse_KLU
</span> 
 mpi.setup \
         require_fortran
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/sundials2/Portfile b/math/sundials2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 63c9a13..6d58422 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/sundials2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/sundials2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -6,7 +6,7 @@ PortGroup           mpi 1.0
</span> 
 name                sundials2
 version             2.7.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            2
</span> categories          math devel
 license             bsd
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -40,7 +40,7 @@ worksrcdir          sundials-${version}
</span> # use default cmake behavior to find Lapack
 patchfiles-append   patch-find_lapack.diff
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib-append  port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:SuiteSparse_KLU
</span> 
 mpi.setup \
         require_fortran
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/math/superlu_dist/Portfile b/math/superlu_dist/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 8210ca3..fc34f82 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/math/superlu_dist/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/math/superlu_dist/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -6,7 +6,7 @@ PortGroup           mpi 1.0
</span> 
 name                superlu_dist
 version             5.3.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          math
 license             BSD
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -28,9 +28,7 @@ checksums           rmd160  5f2c22bf848040c94dfb6558a08d73308df1a90e \
</span> compilers.choose    cc cxx
 mpi.setup           require
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib         port:parmetis \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:superlu \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib         port:parmetis
</span> 
 configure.cflags    -Os -mtune=native
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -45,17 +43,8 @@ configure.args-append \
</span>                     -DTPL_PARMETIS_LIBRARIES="${prefix}/lib/libparmetis.dylib\;${prefix}/lib/libmetis.dylib" \
                     -Denable_tests=OFF \
                     -DUSE_XSDK_DEFAULTS=ON \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    -DXSDK_ENABLE_Fortran=OFF
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-post-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # these are the same files as installed by superlu, so we'll just depend on
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # superlu for now
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    delete ${destroot}${prefix}/include/superlu_enum_consts.h
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    delete ${destroot}${prefix}/include/supermatrix.h
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    # installed by suitesparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    delete ${destroot}${prefix}/include/colamd.h
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DXSDK_ENABLE_Fortran=OFF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DCMAKE_INSTALL_INCLUDEDIR=include/${name}
</span> 
 variant longindex description {Build with 64 ints} {
     configure.cflags-append     -DXSDK_INDEX_SIZE=64
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/python/py-cvxopt/Portfile b/python/py-cvxopt/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index cc2d1fa..7d696f7 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/python/py-cvxopt/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/python/py-cvxopt/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -7,7 +7,7 @@ PortGroup           linear_algebra  1.0
</span> linalg.setup        noveclibfort
 
 github.setup        cvxopt cvxopt 1.1.9
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> name                py-cvxopt
 categories-append   math
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -94,7 +94,11 @@ if {${subport} ne ${name}} {
</span>     }
 
     # link against MacPorts SuiteSparse
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_lib-append  port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append  port:SuiteSparse_config \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:SuiteSparse_AMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:SuiteSparse_COLAMD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:SuiteSparse_UMFPACK
</span>     build.env-append \
         CVXOPT_SUITESPARSE_SRC_DIR="" \
         CVXOPT_SUITESPARSE_LIB_DIR=${prefix}/lib \
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/python/py-scikit-umfpack/Portfile b/python/py-scikit-umfpack/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index cf3c28a..06be4bd 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/python/py-scikit-umfpack/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/python/py-scikit-umfpack/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -5,6 +5,7 @@ PortGroup           python 1.0
</span> PortGroup           github 1.0
 
 github.setup        scikit-umfpack scikit-umfpack 0.2.3
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> 
 name                py-scikit-umfpack
 categories-append   math
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -27,5 +28,5 @@ if {${name} ne ${subport}} {
</span> 
     depends_lib-append \
         port:py${python.version}-scipy \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        port:SuiteSparse
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        port:SuiteSparse_UMFPACK
</span> }
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/python/py-sfepy/Portfile b/python/py-sfepy/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 8c94b7d..5abad7a 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/python/py-sfepy/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/python/py-sfepy/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -7,6 +7,7 @@ PortGroup               python 1.0
</span> 
 github.setup            sfepy sfepy 2014.3 release_
 name                    py-sfepy
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision                1
</span> 
 categories-append       science
 platforms               darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -44,7 +45,7 @@ if {${name} ne ${subport}} {
</span>                         port:py${python.version}-sphinx \
                         port:py${python.version}-sympy \
                         port:py${python.version}-tables \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                        port:SuiteSparse \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:py${python.version}-scikit-umfpack \
</span>                         port:swig-python
 
     build.env-append    MPLCONFIGDIR=${worksrcpath}
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/libbiosig/Portfile b/science/libbiosig/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0ffe9ff..37bb0c2 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/libbiosig/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/libbiosig/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -5,6 +5,7 @@ PortGroup           cmake 1.0
</span> 
 name                libbiosig
 version             1.8.4
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> categories          science
 platforms           darwin
 license             GPL-3
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -26,7 +27,7 @@ checksums           rmd160  0f242f403f5ea02f76d353b132d86633ec4a5dcb \
</span> 
 depends_build-append \
                     port:gawk
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib         port:SuiteSparse \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib         port:SuiteSparse_CHOLMOD \
</span>                     port:zlib \
                     port:libiconv
 
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>