<pre style='margin:0'>
Marcus Calhoun-Lopez (MarcusCalhoun-Lopez) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/956d314537f11e501648003f64e3bbfc308d2dbe">https://github.com/macports/macports-ports/commit/956d314537f11e501648003f64e3bbfc308d2dbe</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 956d314537f11e501648003f64e3bbfc308d2dbe
</span>Author: Marcus Calhoun-Lopez <mcalhoun@macports.org>
AuthorDate: Thu Jan 17 05:30:36 2019 -0700

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bowtie2: respect MacPorts compiler flags
</span>---
 science/bowtie2/Portfile                      | 12 ++++---
 science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff | 52 +++++++++++++++------------
 2 files changed, 37 insertions(+), 27 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/Portfile b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 8a28af7..03e0695 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -4,6 +4,7 @@ PortSystem          1.0
</span> PortGroup           github 1.0
 
 github.setup        BenLangmead bowtie2 2.2.9 v
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            1
</span> 
 categories          science biology
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -32,14 +33,17 @@ checksums           rmd160  4d385888f4cc1dc465cdd74b2e735ca2baed90e8 \
</span> patchfiles          patch-src-Makefile.diff \
                     patch-aligner_result.cpp.diff
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-use_configure       no
</span> supported_archs     x86_64
 universal_variant   no
 installs_libs      no
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-build.args-append   CC=${configure.cc} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    CXX=${configure.cxx} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    CPP=${configure.cpp}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.cmd       printenv
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.pre_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.universal_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.post_args {>> Makefile.macports.inc}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# replicate values from Makefile prior to patching
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.optflags  -O3 -funroll-loops -g3
</span> 
 destroot {
     xinstall -m 755 -W ${worksrcpath} \
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff b/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 22f8633..7bf0ce9 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,31 +1,37 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- Makefile.orig  2016-04-01 10:04:37.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ Makefile       2016-04-01 10:04:17.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -34,26 +34,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- BOWTIE_MM = 1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- BOWTIE_SHARED_MEM = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Respect MacPort compiler flags.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- Makefile.orig  2016-04-21 13:26:11.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ Makefile       2019-01-16 08:31:24.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -21,6 +21,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # Makefile for bowtie, bowtie2-build, bowtie2-inspect
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #
</span>  
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--# Detect Cygwin or MinGW
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--WINDOWS = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--MINGW = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--ifneq (,$(findstring MINGW,$(shell uname)))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  WINDOWS = 1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  MINGW = 1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  # POSIX memory-mapped files not currently supported on Windows
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  BOWTIE_MM = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  BOWTIE_SHARED_MEM = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--MACOS = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--ifneq (,$(findstring Darwin,$(shell uname)))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  MACOS = 1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++include Makefile.macports.inc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++EXTRA_FLAGS += $(CXXFLAGS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ prefix = /usr/local
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ bindir = $(prefix)/bin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -48,11 +51,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ MACOS = 0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ ifneq (,$(findstring Darwin,$(shell uname)))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   MACOS = 1
</span> - ifneq (,$(findstring 13,$(shell uname -r)))
 -              CPP = clang++
 -              CC = clang
 -              override EXTRA_FLAGS += -stdlib=libstdc++
 -      endif
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+MACOS = 1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+override EXTRA_FLAGS += -stdlib=libstdc++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ endif
</span>  
  POPCNT_CAPABILITY ?= 1
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- ifeq (1, $(POPCNT_CAPABILITY))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -167,9 +165,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ SSE_FLAG=-msse2 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-DEBUG_FLAGS    = -O0 -g3 -m64 $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++DEBUG_FLAGS    = $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ DEBUG_DEFS     = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(DEBUG_FLAGS) $(EXTRA_FLAGS)\""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-RELEASE_FLAGS  = -O3 -m64 $(SSE_FLAG) -funroll-loops -g3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++RELEASE_FLAGS  = $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ RELEASE_DEFS   = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(RELEASE_FLAGS) $(EXTRA_FLAGS)\""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ FILE_FLAGS     = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>