<pre style='margin:0'>
Marcus Calhoun-Lopez (MarcusCalhoun-Lopez) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/a7089906d5fb76f38822761c47a4a135f11e49fc">https://github.com/macports/macports-ports/commit/a7089906d5fb76f38822761c47a4a135f11e49fc</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit a7089906d5fb76f38822761c47a4a135f11e49fc
</span>Author: Marcus Calhoun-Lopez <mcalhoun@macports.org>
AuthorDate: Wed Jan 16 09:50:48 2019 -0700

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bowtie2: avoid comparing pointer and int with >
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Fixes https://trac.macports.org/ticket/57764
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    No revbump since port either builds correctly or not at all.
</span>---
 science/bowtie2/Portfile                            |  3 ++-
 science/bowtie2/files/patch-aligner_result.cpp.diff | 14 ++++++++++++++
 2 files changed, 16 insertions(+), 1 deletion(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/Portfile b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 558f458..fdb769c 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -29,7 +29,8 @@ checksums           rmd160  4d385888f4cc1dc465cdd74b2e735ca2baed90e8 \
</span>                     sha256  435c27c33807be6227b5370f53146a3e7f890534db650d3d0f5e86570f9d5170 \
                     size    5815668
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles          patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          patch-src-Makefile.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-aligner_result.cpp.diff
</span> 
 use_configure       no
 universal_variant   no
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/files/patch-aligner_result.cpp.diff b/science/bowtie2/files/patch-aligner_result.cpp.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..187ddab
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/files/patch-aligner_result.cpp.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,14 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Avoid
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    error: ordered comparison between pointer and zero ('const char *' and 'int')
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+See https://trac.macports.org/ticket/57764
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- aligner_result.cpp.orig        2016-04-21 13:26:11.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ aligner_result.cpp     2019-01-16 09:03:47.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -1130,7 +1130,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   else if(!nfilt_  ) flag = "NS";
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   else if(!scfilt_ ) flag = "SC";
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   else if(!qcfilt_ ) flag = "QC";
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  if(flag > 0) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  if(flag != 0) {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           if(!first) o.append('\t');
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           o.append("YF:Z:");
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           o.append(flag);
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>