<pre style='margin:0'>
Marcus Calhoun-Lopez (MarcusCalhoun-Lopez) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/1ac84b9d5faaadc56321bfd98a076dc750ffe739">https://github.com/macports/macports-ports/commit/1ac84b9d5faaadc56321bfd98a076dc750ffe739</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 1ac84b9d5faaadc56321bfd98a076dc750ffe739
</span>Author: Marcus Calhoun-Lopez <mcalhoun@macports.org>
AuthorDate: Sun Jan 27 16:47:25 2019 -0700

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    samtools-0.1: new port
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    TopHat does not work with the latest version of samtools.
</span>---
 science/samtools-0.1/Portfile                  | 49 ++++++++++++++++++++++++++
 science/samtools-0.1/files/patch-Makefile.diff | 24 +++++++++++++
 2 files changed, 73 insertions(+)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/samtools-0.1/Portfile b/science/samtools-0.1/Portfile
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..7576c10
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/samtools-0.1/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,49 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# -*- coding: utf-8; mode: tcl; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4 -*- vim:fenc=utf-8:ft=tcl:et:sw=4:ts=4:sts=4
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortSystem              1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup               github 1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup            samtools samtools 0.1.20
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+name                    samtools-0.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+categories              science
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+platforms               darwin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+maintainers             {mcalhoun @MarcusCalhoun-Lopez} openmaintainer
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+license                 MIT
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description             compatibility version of Samtools
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+long_description        ${description}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums               rmd160  08e8bc2c21f6da50c22356d5cce07738d04a632e \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        sha256  5fd7f8efad62bf73373c4634109e9570e6e2ddfbab5b885e4b636be4992ce2c5 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        size    566475
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+homepage                https://www.htslib.org/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles              patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib             port:ncurses \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:zlib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.cmd           printenv
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.pre_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.universal_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.post_args     {>> Makefile.macports.inc}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.env-append    PREFIX=${prefix}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+build.target-append     libbam.1.dylib-local
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0755 ${worksrcpath}/samtools       ${destroot}${prefix}/bin/samtools_0.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0644 ${worksrcpath}/libbam.a       ${destroot}${prefix}/lib/libbam.1.a
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0755 ${worksrcpath}/libbam.1.dylib ${destroot}${prefix}/lib/libbam.1.dylib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -d      ${destroot}${prefix}/include/bam-0.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0644 {*}[glob ${worksrcpath}/*.h]  ${destroot}${prefix}/include/bam-0.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -d ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 644 -W ${worksrcpath} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        AUTHORS COPYING NEWS \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.type          none
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/samtools-0.1/files/patch-Makefile.diff b/science/samtools-0.1/files/patch-Makefile.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..c70745d
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/samtools-0.1/files/patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,24 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- Makefile.orig  2014-08-15 01:40:05.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ Makefile       2019-01-26 08:50:20.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -4,8 +4,10 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #   make git-stamp
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ VERSION=
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-CC=                       gcc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-CFLAGS=           -g -Wall $(VERSION) -O2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++include Makefile.macports.inc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++CC ?=                     gcc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++CFLAGS ?=         -g -Wall $(VERSION) -O2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #LDFLAGS=         -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ DFLAGS=           -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ KNETFILE_O=       knetfile.o
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -91,7 +93,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-          libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++          libtool -dynamic -install_name $(PREFIX)/lib/libbam.1.dylib -current_version 0.1.20 -compatibility_version 0.1  $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ libbam.so.1-local:$(LOBJS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+           $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>