<pre style='margin:0'>
Marcus Calhoun-Lopez (MarcusCalhoun-Lopez) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/9c0e6e775655e28cb3efd98b260015f63db823fd">https://github.com/macports/macports-ports/commit/9c0e6e775655e28cb3efd98b260015f63db823fd</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 9c0e6e775655e28cb3efd98b260015f63db823fd
</span>Author: Marcus Calhoun-Lopez <mcalhoun@macports.org>
AuthorDate: Thu Mar 21 07:40:18 2019 -0700

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bowtie2: update version 2.3.4.3->2.3.5
</span>---
 science/bowtie2/Portfile                      | 12 ++++++------
 science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff | 18 +++++++++---------
 2 files changed, 15 insertions(+), 15 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/Portfile b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 9fc5699..8a0079b 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -3,8 +3,8 @@
</span> PortSystem          1.0
 PortGroup           github 1.0
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-github.setup        BenLangmead bowtie2 2.3.4.3 v
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        BenLangmead bowtie2 2.3.5 v
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span> 
 categories          science biology
 platforms           darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -25,9 +25,9 @@ long_description    Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool \
</span> 
 homepage            http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  ee47b07eaacdb1319ec83c9f01ff46a7c9900933 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  56cf132e1607cb16397c294f0ba1a288aba4eddc1dc10f7ce3e92796f9b1fbc5 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    10574624
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  23e5c52efd92f79acfd9ab20deb8e984f504d18b \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  5e9eda577fb3494c652b34f9c02fe92a049c4fc1e5efda9e438a1085d4f8c998 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    10585285
</span> 
 patchfiles          patch-src-Makefile.diff
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -62,7 +62,7 @@ post-destroot {
</span>     xinstall -m 644 -W ${worksrcpath} \
         VERSION \
         TUTORIAL \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        README \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        README.md \
</span>         NEWS \
         MANUAL.markdown \
         MANUAL \
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff b/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index e6bc250..9d73943 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,5 +1,5 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- Makefile.orig  2018-09-16 21:22:55.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ Makefile       2019-01-17 05:35:04.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- Makefile.orig  2019-03-15 21:14:43.000000000 -0700
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ Makefile       2019-03-21 07:23:21.000000000 -0700
</span> @@ -21,6 +21,9 @@
  # Makefile for bowtie, bowtie2-build, bowtie2-inspect
  #
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -10,7 +10,7 @@
</span>  prefix := /usr/local
  bindir := $(prefix)/bin
  
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -55,12 +58,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -57,12 +60,6 @@
</span>  MACOS :=
  ifneq (,$(findstring Darwin,$(shell uname)))
        MACOS := 1
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -22,13 +22,13 @@
</span> - endif
  endif
  
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- POPCNT_CAPABILITY ?= 1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -186,8 +183,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- SSE_FLAG := -msse2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ ifdef STATIC_BUILD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -224,8 +221,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   M64_FLAG =
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ endif
</span>  
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--DEBUG_FLAGS    := -O0 -g3 -m64 $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--RELEASE_FLAGS  := -O3 -m64 $(SSE_FLAG) -funroll-loops -g3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-DEBUG_FLAGS    := -O0 -g3 $(M64_FLAG) $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-RELEASE_FLAGS  := -O3 $(M64_FLAG) $(SSE_FLAG) -funroll-loops -g3
</span> +DEBUG_FLAGS    := $(SSE_FLAG)
 +RELEASE_FLAGS  := $(SSE_FLAG)
  NOASSERT_FLAGS := -DNDEBUG
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>