<pre style='margin:0'>
David Strubbe (dstrubbe) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/a28aa8c1bf6d5d3b19827b08be98d27b9de8e790">https://github.com/macports/macports-ports/commit/a28aa8c1bf6d5d3b19827b08be98d27b9de8e790</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new a28aa8c  gromacs: Update to 2019.2, a version which has a plumed patch. All tests passed serial and MPI.
</span>a28aa8c is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit a28aa8c1bf6d5d3b19827b08be98d27b9de8e790
</span>Author: David Strubbe <dstrubbe@macports.org>
AuthorDate: Fri Jun 28 14:14:26 2019 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    gromacs: Update to 2019.2, a version which has a plumed patch. All tests passed serial and MPI.
</span>---
 science/gromacs/Portfile | 22 ++++++++--------------
 1 file changed, 8 insertions(+), 14 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/gromacs/Portfile b/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index cba5d0e..a5ea6ee 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -11,8 +11,8 @@ PortGroup           linear_algebra 1.0
</span> 
 name                gromacs
 # not all versions have patches available for plumed; subport's patch will fail if not there
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-version             2016.5
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# find list at https://www.plumed.org/doc-v2.5/user-doc/html/_code_specific_notes.html
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+version             2019.2
</span> categories          science math
 license             LGPL-2.1
 maintainers         {dstrubbe @dstrubbe} openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -30,10 +30,11 @@ platforms           darwin
</span> homepage            http://www.gromacs.org/
 master_sites        http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# md5 published at http://www.gromacs.org/Downloads
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  10d8808e8c5b04702d83f385f78c0d9effdfa266 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  57db26c6d9af84710a1e0c47a1f5bf63a22641456448dcd2eeb556ebd14e0b7c \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    md5     f41807e5b2911ccb547a3fd11f105d47
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# md5 as on http://manual.gromacs.org/documentation/2019.2/download.html
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  e59309b1a9d0de14a547f7727d4f4915aa3a6df7 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  bcbf5cc071926bc67baa5be6fb04f0986a2b107e1573e15fadcb7d7fc4fb9f7e \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    md5     9978498d904ec81f50796b3cdaa9c5df \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    33437869
</span> 
 depends_build-append \
                     port:pkgconfig
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -82,13 +83,6 @@ post-test {
</span> # look into this:
 #NOTE: Regression tests have not been run. If you want to run them from the build system, get the correct version of the regression tests package and set REGRESSIONTEST_PATH in CMake to point to it, or set REGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON.
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# I encountered this problem with the last test, when using MPI:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#Program mdrun-mpi-test, VERSION 5.1.4
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#Memory allocation/freeing error:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#Character buffer too small!
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span> subport gromacs-plumed {
     description    ${description}: \
       (THIS PORT INSTALLS A VERSION OF GROMACS PATCHED WITH PLUMED)
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -113,7 +107,7 @@ subport gromacs-plumed {
</span> # override the choice setting the PLUMED_KERNEL environment variable.
 # Also notice that gromacs version is hardcoded here. Plumed patch is not always
 # updated when gromacs is.
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        exec ${prefix}/bin/plumed patch --mdroot=${worksrcpath} -e gromacs-2016.4 --runtime -p
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        exec ${prefix}/bin/plumed patch --mdroot=${worksrcpath} -e gromacs-2019.2 --runtime -p
</span>     }
     notes "
 PLUMED is linked with runtime binding. By setting the environment variable PLUMED_KERNEL\
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>