<pre style='margin:0'>
Renee Otten (reneeotten) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/173a5a1ed00922cb96b18d45c4035802ca2bf1ec">https://github.com/macports/macports-ports/commit/173a5a1ed00922cb96b18d45c4035802ca2bf1ec</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 173a5a1  bali-phy: update to 3.4.1
</span>173a5a1 is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 173a5a1ed00922cb96b18d45c4035802ca2bf1ec
</span>Author: Renee Otten <reneeotten@macports.org>
AuthorDate: Mon Oct 28 12:16:50 2019 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bali-phy: update to 3.4.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Closes: https://trac.macports.org/ticket/38488
</span>---
 science/bali-phy/Portfile                      | 89 ++++++++++++++++----------
 science/bali-phy/files/patch-bali_phy_pkg.diff |  8 +++
 science/bali-phy/files/patch-bp_analyze.diff   |  8 +++
 science/bali-phy/files/patch-keep.pl.diff      |  8 +++
 science/bali-phy/files/patch-run_tests.py.diff |  8 +++
 science/bali-phy/files/scripts.patch           |  8 ---
 6 files changed, 87 insertions(+), 42 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bali-phy/Portfile b/science/bali-phy/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 8272850..9672194 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bali-phy/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bali-phy/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,54 +1,75 @@
</span> # -*- coding: utf-8; mode: tcl; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4 -*- vim:fenc=utf-8:ft=tcl:et:sw=4:ts=4:sts=4
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-PortSystem 1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-PortGroup           compiler_blacklist_versions 1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-PortGroup           cxx11 1.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortSystem          1.0
</span> PortGroup           github 1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup           meson 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-github.setup        bredelings BAli-Phy 3.0.3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        bredelings BAli-Phy 3.4.1
</span> name                bali-phy
 revision            0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-description         Estimation of phylogeny and multiple alignment via MCMC
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-long_description    Estimation of phylogeny and multiple alignment via MCMC \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    BAli-Phy that estimates multiple sequence alignments and \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    evolutionary trees from DNA, amino acid, or codon sequences.\
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    BAli-Phy uses MCMC and Bayesian  methods to estimate \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    evolutionary trees, positive selection, and branch lengths \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    while averaging over alternative alignments. \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                     \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    models like GTR+gamma.  BAli-Phy automatically estimates \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    relative rates for each gene.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> categories          science
 platforms           darwin
 license             GPL-2+
 maintainers         {gmail.com:benjamin.redelings @bredelings} openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description         Bayesian co-estimation of phylogenies and multiple alignments via MCMC
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+long_description    BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    from DNA, amino acid, or codon sequences. It uses likelihood-based \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    evolutionary models of substitutions and insertions and deletions to \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    place gaps.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> homepage            http://www.bali-phy.org/
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  60c6b2da4f196f68b958e3360f9415fb689729bc \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  4cdfb16b50c4a06e1cf6691d22cc3a5401e0cdb55dbb0ff379c779eb660e060d \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    12455696
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  aeb578128defbb0b653470c1f2ad7666fde0a4a8 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  59b6c38651247b6f43b0707c82b5729bfd5b32792f810b95214a4a99efb096ab \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    12550833
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+compiler.cxx_standard 2014
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# use the same Python version as in meson
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+set python_version 3.7
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+set python_ver_no_dot [string map {. {}} ${python_version}]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant doc description {Build documentation and man pages} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_build-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:pandoc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+default_variants +doc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles-append   patch-bali_phy_pkg.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-keep.pl.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-bp_analyze.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-run_tests.py.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+post-patch {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    reinplace "s|@@PYTHON_BIN@@|${frameworks_dir}/Python.framework/Versions/${python_version}/bin/python${python_version}|g" \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        ${worksrcpath}/tests/run-tests.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    reinplace "s|@@PERL_BIN@@|${prefix}/bin/perl|g" ${worksrcpath}/scripts/bali-phy-pkg \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        ${worksrcpath}/scripts/bp-analyze ${worksrcpath}/examples/sequences/lrRNA/keep.pl
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
 depends_build-append \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:pkgconfig \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:automake \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:autoconf \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:libtool \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:eigen3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:eigen3 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:nlohmann-json \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:pkgconfig
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib         port:boost \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:boost \
</span>                     path:lib/pkgconfig/cairo.pc:cairo
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles          scripts.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_run-append  path:bin/perl:perl5
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# Needs support for -std=c++14.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-compiler.blacklist-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    {clang < 602}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_test-append port:python${python_ver_no_dot}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# build in source directory until we switch to meson
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-pre-configure       { system -W ${worksrcpath} "./bootstrap.sh"}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+test.run            yes
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+test.cmd            ${build.cmd}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.args      --with-system-boost --with-system-eigen
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.env-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                     BOOST_SUFFIX=-mt
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+post-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    set docdir ${prefix}/share/doc/${name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -d ${destroot}${docdir}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0644 -W ${worksrcpath} README.md NEWS \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+       COPYING CONTRIBUTING.md ${destroot}${docdir}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0644 -W ${worksrcpath}/doc README.pdf Tutorial.pdf \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        ${destroot}${docdir}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bali-phy/files/patch-bali_phy_pkg.diff b/science/bali-phy/files/patch-bali_phy_pkg.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..fd0fffd
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bali-phy/files/patch-bali_phy_pkg.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- scripts/bali-phy-pkg.orig      2019-10-28 16:56:34.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ scripts/bali-phy-pkg   2019-10-28 16:56:47.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -1,4 +1,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#!/usr/bin/perl -w
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#!@@PERL_BIN@@ -w
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ use strict;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ use Cwd 'abs_path';
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bali-phy/files/patch-bp_analyze.diff b/science/bali-phy/files/patch-bp_analyze.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..f709990
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bali-phy/files/patch-bp_analyze.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- scripts/bp-analyze.orig        2019-10-28 16:57:36.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ scripts/bp-analyze     2019-10-28 16:57:48.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -1,4 +1,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#!/usr/bin/perl -w 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#!@@PERL_BIN@@ -w 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # TODO
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bali-phy/files/patch-keep.pl.diff b/science/bali-phy/files/patch-keep.pl.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..30867f5
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bali-phy/files/patch-keep.pl.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- examples/sequences/lrRNA/keep.pl.orig  2019-10-28 13:56:10.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ examples/sequences/lrRNA/keep.pl       2019-10-28 13:56:23.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -1,4 +1,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#!/usr/bin/perl -w
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#!@@PERL_BIN@@ -w
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ use strict;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ while (my $line = <>)
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bali-phy/files/patch-run_tests.py.diff b/science/bali-phy/files/patch-run_tests.py.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..d4aa295
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bali-phy/files/patch-run_tests.py.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- tests/run-tests.py.orig        2019-10-28 13:50:00.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ tests/run-tests.py     2019-10-28 13:50:22.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -1,4 +1,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#!/usr/bin/env python3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#!@@PYTHON_BIN@@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ from __future__ import print_function
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ import os
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bali-phy/files/scripts.patch b/science/bali-phy/files/scripts.patch
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 2ebd2e7..0000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bali-phy/files/scripts.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,8 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- scripts/bp-analyze     2010-06-18 16:57:34.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ scripts/bp-analyze     2010-07-30 20:37:50.000000000 -0400
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -1,4 +1,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--#!/usr/bin/perl -w 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+#!/usr/bin/env perl -w 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # TODO
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
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