<pre style='margin:0'>
Marcus Calhoun-Lopez (MarcusCalhoun-Lopez) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/e98650e40e73b7376315eb86a32ee92b06fb25dc">https://github.com/macports/macports-ports/commit/e98650e40e73b7376315eb86a32ee92b06fb25dc</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit e98650e40e73b7376315eb86a32ee92b06fb25dc
</span>Author: Marcus Calhoun-Lopez <mcalhoun@macports.org>
AuthorDate: Fri Feb 28 03:57:34 2020 -0700

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bowtie2: ensure all MacPorts flags are supported
</span>---
 science/bowtie2/Portfile                      | 16 ++++++++--------
 science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff | 21 ---------------------
 2 files changed, 8 insertions(+), 29 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/Portfile b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 31b9637..b7222db 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -4,7 +4,7 @@ PortSystem                  1.0
</span> PortGroup                   github 1.0
 
 github.setup                BenLangmead bowtie2 2.3.5.1 v
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision                    0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision                    1
</span> 
 categories                  science biology
 platforms                   darwin
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -41,8 +41,8 @@ post-patch {
</span>                             bowtie2-inspect
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+use_configure               no
</span> supported_archs             x86_64
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-universal_variant           no
</span> installs_libs               no
 
 depends_lib-append          port:zlib \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -50,13 +50,13 @@ depends_lib-append          port:zlib \
</span> 
 depends_run-append          port:python${python.version}
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.cmd               printenv
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.pre_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.universal_args
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.post_args         {>> Makefile.macports.inc}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# Makefile sets optimizations flags
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.optflags-delete   -Os
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# replicate values from Makefile prior to patching
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.optflags          -O3 -funroll-loops -g3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+build.env-append            CXX=${configure.cxx} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                            "CPPFLAGS=${configure.cppflags}" \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                            "CXXFLAGS=${configure.cxxflags} [get_canonical_archflags cxx]" \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                            "LDFLAGS=${configure.ldflags}   [get_canonical_archflags ld]"
</span> 
 destroot.args-append        prefix=${prefix}
 
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff b/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 9d73943..d16f6b7 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bowtie2/files/patch-src-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,15 +1,5 @@
</span> --- Makefile.orig 2019-03-15 21:14:43.000000000 -0700
 +++ Makefile   2019-03-21 07:23:21.000000000 -0700
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -21,6 +21,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- # Makefile for bowtie, bowtie2-build, bowtie2-inspect
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+include Makefile.macports.inc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+EXTRA_FLAGS += $(CXXFLAGS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- prefix := /usr/local
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- bindir := $(prefix)/bin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span> @@ -57,12 +60,6 @@
  MACOS :=
  ifneq (,$(findstring Darwin,$(shell uname)))
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -23,14 +13,3 @@
</span>  endif
  
  ifdef STATIC_BUILD
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -224,8 +221,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   M64_FLAG =
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--DEBUG_FLAGS    := -O0 -g3 $(M64_FLAG) $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--RELEASE_FLAGS  := -O3 $(M64_FLAG) $(SSE_FLAG) -funroll-loops -g3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+DEBUG_FLAGS    := $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+RELEASE_FLAGS  := $(SSE_FLAG)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- NOASSERT_FLAGS := -DNDEBUG
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- FILE_FLAGS     := -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- DEBUG_DEFS     = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(DEBUG_FLAGS) $(CXXFLAGS)\""
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>