<pre style='margin:0'>
Enrico Maria Crisostomo (emcrisostomo) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/3fd956e0478277cc02ca5aec85740a130e1bd137">https://github.com/macports/macports-ports/commit/3fd956e0478277cc02ca5aec85740a130e1bd137</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 3fd956e0478277cc02ca5aec85740a130e1bd137
</span>Author: Renee Otten <reneeotten@macports.org>
AuthorDate: Mon Mar 2 17:52:54 2020 -0500

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    muscle: new port, version 3.8.1551
</span>---
 science/muscle/Portfile                  | 39 ++++++++++++++++++++++++++++++++
 science/muscle/files/patch-Makefile.diff | 26 +++++++++++++++++++++
 2 files changed, 65 insertions(+)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/muscle/Portfile b/science/muscle/Portfile
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..f5d42b3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/muscle/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,39 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# -*- coding: utf-8; mode: tcl; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4 -*- vim:fenc=utf-8:ft=tcl:et:sw=4:ts=4:sts=4
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortSystem          1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+name                muscle
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+version             3.8.1551
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+categories          science
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+platforms           darwin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+license             public-domain
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+maintainers         {reneeotten @reneeotten} openmaintainer
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description         A program for multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+long_description    ${description}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+homepage            https://drive5.com/muscle
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+master_sites        ${homepage}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+distname            muscle_src_${version}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  3fe31297b1aed972fc95f0c238129e918e4d0197 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  c70c552231cd3289f1bad51c9bd174804c18bb3adcf47f501afec7a68f9c482e \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    190019
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+extract.mkdir       yes
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+use_configure       no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+build.env           CXX=${configure.cxx}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0755 -W ${worksrcpath} muscle ${destroot}${prefix}/bin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.type      regex
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.url       ${homepage}/downloads.htm
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.regex     ${name}_src_(\[0-9.\]+)${extract.suffix}
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/muscle/files/patch-Makefile.diff b/science/muscle/files/patch-Makefile.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 0000000..04e2301
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/muscle/files/patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,26 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- Makefile.orig  2020-03-02 22:27:18.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ Makefile       2020-03-02 22:27:24.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -9,9 +9,8 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # On OSX, using -static gives the error "ld: can't locate file for: -lcrt0.o",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # this is fixed by deleting "-static" from the LDLIBS line.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-CFLAGS = -O3 -funroll-loops -Winline -DNDEBUG=1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-LDLIBS = -lm -static
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-# LDLIBS = -lm
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++CFLAGS += -O3 -funroll-loops -Winline -DNDEBUG=1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++LDLIBS = -lm
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ OBJ = .o
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ EXE =
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -19,9 +18,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ RM = rm -f
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ CP = cp
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-GPP = g++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++GPP = $(CXX)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ LD = $(GPP) $(CFLAGS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-CPP = $(GPP) -c $(CFLAGS) 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++CPP = $(GPP) -c $(CFLAGS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ all: muscle
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>