<pre style='margin:0'>
Renee Otten (reneeotten) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/8de14e6f9c16a64d0db5a16ec1c79b832c00dab2">https://github.com/macports/macports-ports/commit/8de14e6f9c16a64d0db5a16ec1c79b832c00dab2</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 8de14e6f9c1 gromacs: update to 2021.3
</span>8de14e6f9c1 is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 8de14e6f9c16a64d0db5a16ec1c79b832c00dab2
</span>Author: Mark Abraham <Mark.J.Abraham@gmail.com>
AuthorDate: Fri Sep 10 12:59:33 2021 +0200

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    gromacs: update to 2021.3
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Closes: https://trac.macports.org/ticket/63137
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Closes: https://trac.macports.org/ticket/61692
</span>---
 science/gromacs/Portfile | 47 ++++++++++++++++++++++++-----------------------
 1 file changed, 24 insertions(+), 23 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/gromacs/Portfile b/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index a5ea6ee8cf1..b2047823e4c 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/gromacs/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -2,21 +2,20 @@
</span> 
 PortSystem          1.0
 PortGroup           muniversal 1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-PortGroup           cmake 1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# this line is needed to allow use of gcc
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.cxx_stdlib   libstdc++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-PortGroup           cxx11 1.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup           cmake 1.1
</span> PortGroup           mpi 1.0
 PortGroup           linear_algebra 1.0
 
 name                gromacs
 # not all versions have patches available for plumed; subport's patch will fail if not there
 # find list at https://www.plumed.org/doc-v2.5/user-doc/html/_code_specific_notes.html
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-version             2019.2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+version             2021.3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span> categories          science math
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+platforms           darwin
</span> license             LGPL-2.1
 maintainers         {dstrubbe @dstrubbe} openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-description         The World's fastest Molecular Dynamics package
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description         Molecular dynamics package designed for simulations of proteins, lipids, and nucleic acids.
</span> long_description    GROMACS is a versatile package to perform molecular \
                     dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for \
                     systems with hundreds to millions of particles. It is primarily \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -27,33 +26,35 @@ long_description    GROMACS is a versatile package to perform molecular \
</span>                     research on non-biological systems, e.g. polymers.
 platforms           darwin
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-homepage            http://www.gromacs.org/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-master_sites        http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+homepage            https://www.gromacs.org/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+master_sites        https://ftp.gromacs.org/pub/gromacs
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# md5 as on http://manual.gromacs.org/documentation/2019.2/download.html
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  e59309b1a9d0de14a547f7727d4f4915aa3a6df7 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  bcbf5cc071926bc67baa5be6fb04f0986a2b107e1573e15fadcb7d7fc4fb9f7e \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    md5     9978498d904ec81f50796b3cdaa9c5df \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    33437869
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# md5 as on http://manual.gromacs.org/documentation/2021.3/download.html
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  74adb5fc9e2fa461d4d7ff603d0fe7e08476da20 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  e109856ec444768dfbde41f3059e3123abdb8fe56ca33b1a83f31ed4575a1cc6 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    md5     1850870fbbfb228051ee0afc1c5ddeff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    37987972
</span> 
 depends_build-append \
                     port:pkgconfig
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib-append  port:fftw-3-single port:libxml2 port:zlib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:fftw-3-single port:hwloc port:zlib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+compiler.cxx_standard 2017
</span> 
 # FIXME: enable use of avx when appropriate, instead of just SSE
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.args-append  -DGMX_SIMD:STRING="SSE4.1" -DBUILD_TESTING:BOOL=ON -DGMX_X11:BOOL=OFF -DGMX_HWLOC:BOOL=OFF -DGMX_OPENMP:BOOL=OFF
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# boost?
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.args-append  -DGMX_SIMD:STRING="SSE4.1" -DBUILD_TESTING:BOOL=ON -DGMX_X11:BOOL=OFF -DGMX_HWLOC:BOOL=ON -DGMX_OPENMP:BOOL=OFF
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# Ensure that GROMACS log files reflect that the build was
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# done via macports, to help users troubleshoot issues
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.args-append  -DGMX_VERSION_STRING_OF_FORK="macports"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# Always use libc++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.args-append  -DGMX_STDLIB_CXX_FLAGS=-stdlib=libc++ -DGMX_STDLIB_LIBRARIES='-lc++abi -lc++'
</span> 
 variant x11 description {Enable GMX view via X11} {
     configure.args-replace  -DGMX_X11:BOOL=OFF -DGMX_X11:BOOL=ON
     depends_lib-append      port:xorg-libX11 port:xorg-libXext
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-variant hwloc description {Enable usage of HWLOC for hardware locality} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    configure.args-replace  -DGMX_HWLOC:BOOL=OFF -DGMX_HWLOC:BOOL=ON
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span> variant threads description {Enable usage of OpenMP} {
     configure.args-replace  -DGMX_OPENMP:BOOL=OFF -DGMX_OPENMP:BOOL=ON
 }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -101,13 +102,13 @@ subport gromacs-plumed {
</span>     depends_lib-append     path:${prefix}/lib/libplumedKernel.dylib:plumed
     post-patch {
 # I need to execute with full path since PATH variable is not properly set here
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# Also notice that I am patching with runtime. Notice that 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# Also notice that I am patching with runtime. Notice that
</span> # plumed compiled for MacPorts has the hardcoded path also in the runtime patch.
 # This allows the user to work with MacPorts plumed and possibly
 # override the choice setting the PLUMED_KERNEL environment variable.
 # Also notice that gromacs version is hardcoded here. Plumed patch is not always
 # updated when gromacs is.
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        exec ${prefix}/bin/plumed patch --mdroot=${worksrcpath} -e gromacs-2019.2 --runtime -p
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        exec ${prefix}/bin/plumed patch --mdroot=${worksrcpath} -e gromacs-${version} --runtime -p
</span>     }
     notes "
 PLUMED is linked with runtime binding. By setting the environment variable PLUMED_KERNEL\
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -131,5 +132,5 @@ variant double description "Build in double precision (much slower, use only if
</span> }
 
 livecheck.type          regex
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-livecheck.url           http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.url           https://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/
</span> livecheck.regex         ${name}-(\[0-9.\]+)${extract.suffix}
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>