<pre style='margin:0'>
Ryan Schmidt (ryandesign) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/59ba114d1582e72f77b26b0874f2eede46b2e482">https://github.com/macports/macports-ports/commit/59ba114d1582e72f77b26b0874f2eede46b2e482</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 59ba114d1582e72f77b26b0874f2eede46b2e482
</span>Author: Ryan Schmidt <ryandesign@macports.org>
AuthorDate: Sat Jan 29 03:06:20 2022 -0600

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    bfast: New port, version 0.7.0a
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Closes: https://trac.macports.org/ticket/33021
</span>---
 science/bfast/Portfile           | 44 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 science/bfast/files/CFLAGS.patch | 14 +++++++++++++
 2 files changed, 58 insertions(+)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bfast/Portfile b/science/bfast/Portfile
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 00000000000..7ad42e8d0c6
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bfast/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,44 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# -*- coding: utf-8; mode: tcl; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4 -*- vim:fenc=utf-8:ft=tcl:et:sw=4:ts=4:sts=4
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortSystem          1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup           github 1.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        nh13 BFAST 0.7.0a bfast.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  95daa3e29c7c7d8156bd743a28f3bccfd9dc94f6 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  ed8de49693165a87d5dbef352207c424b1bf6f670a83acf49a4f4f188444995e \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    2456617
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+name                bfast
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+categories          science
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+maintainers         {ryandesign @ryandesign} openmaintainer
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+license             GPL-3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description         a tool for fast and accurate sequence alignment
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+long_description    BFAST facilitates the fast and accurate mapping of \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    short reads to reference sequences, where mapping \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    billions of short reads with variants is of utmost \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    importance.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+set vnumonly        [lindex [regexp -inline -- {[0-9.]+} ${version}] 0]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+master_sites        sourceforge:project/${name}/${name}/${vnumonly}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+distname            ${name}-${version}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib         port:bzip2 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:zlib
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          CFLAGS.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+post-patch {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    reinplace "s|@CFLAGS@|${configure.cflags} [get_canonical_archflags cc]|g" ${worksrcpath}/configure
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# https://github.com/nh13/BFAST/issues/2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+compiler.c_standard 1989
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.cflags-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -std=gnu89
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# This software is no longer maintained.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# https://github.com/nh13/BFAST/issues/4
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+livecheck.type      none
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/bfast/files/CFLAGS.patch b/science/bfast/files/CFLAGS.patch
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 00000000000..a0c3ed0b198
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/bfast/files/CFLAGS.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,14 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Insert a placeholder that MacPorts will replace with its CFLAGS since
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+this configure script overwrites the CFLAGS environment variable.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+https://github.com/nh13/BFAST/issues/5
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- configure.orig 2011-10-29 14:32:59.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ configure      2022-01-29 02:24:29.000000000 -0600
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -3581,7 +3581,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # set CFLAGS and CXXFLAGS
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-default_CFLAGS="-Wall -g -O2 -pthread";
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++default_CFLAGS="-Wall -g @CFLAGS@ -pthread";
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ extended_CFLAGS="";# "-m64 -D_FILE_OFFSET_BITS=64";
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # Define some variables
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>