<pre style='margin:0'>
Renee Otten (reneeotten) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/2ed47b3fae81dc6dbae3d747de7fd40f37d7dbcf">https://github.com/macports/macports-ports/commit/2ed47b3fae81dc6dbae3d747de7fd40f37d7dbcf</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 2ed47b3fae81dc6dbae3d747de7fd40f37d7dbcf
</span>Author: Renee Otten <reneeotten@macports.org>
AuthorDate: Wed May 12 23:36:46 2021 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    openbabel: update to 3.1.1
</span>---
 science/openbabel/Portfile                        | 87 +++++++++++++++++------
 science/openbabel/files/patch-cmake-coordgen.diff | 47 ++++++++++++
 2 files changed, 112 insertions(+), 22 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/openbabel/Portfile b/science/openbabel/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 92411ed64c3..0f45a2e74f1 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/openbabel/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/openbabel/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,43 +1,86 @@
</span> # -*- coding: utf-8; mode: tcl; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4 -*- vim:fenc=utf-8:ft=tcl:et:sw=4:ts=4:sts=4
 
 PortSystem          1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup           github 1.0
</span> PortGroup           cmake 1.1
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup           wxWidgets 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# Keep relevant lines in sync between openbabel and py-openbabel.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-name                openbabel
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-version             2.4.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        openbabel openbabel 3-1-1 openbabel-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+conflicts           openbabel2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+version             [string map {- .} ${github.version}]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span> 
 categories          science devel chemistry
 license             GPL-2
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-platforms           darwin
</span> maintainers         {reneeotten @reneeotten} openmaintainer
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-description         A chemistry file translation program.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-long_description    Open Babel is a free, open-source version \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    of the Babel chemistry file translation program. \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    OpenBabel is a project designed to pick up where \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    Babel left off, as a cross-platform program and \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    library designed to interconvert between many \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    file formats used in molecular modeling and \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    computational chemistry.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-homepage            http://openbabel.org
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-master_sites        sourceforge:project/openbabel/openbabel/${version}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description         Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    of chemical data
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+long_description    ${description}. It's an open, collaborative project allowing anyone to \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    solid-state materials, biochemistry, or related areas.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+homepage            https://openbabel.org
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> checksums           rmd160  317c15ebbe7f2f86c5ec7d54230487853545cfc4 \
                     sha256  204136582cdfe51d792000b20202de8950218d617fd9c6e18cee36706a376dfc \
                     size    11618304
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+compiler.cxx_standard \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    2011
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles-append   patch-cmake-coordgen.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patch.pre_args      -p1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+set py_ver          3.10
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+set py_ver_nodot    [string map {. {}} ${py_ver}]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.args-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DBUILD_GUI=OFF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DBUILD_TESTING=OFF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DRUN_SWIG=ON \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DPYTHON_BINDINGS=ON \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DPYTHON_EXECUTABLE=${frameworks_dir}/Python.framework/Versions/${py_ver}/bin/python${py_ver} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DENABLE_OPENMP=OFF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DOPTIMIZE_NATIVE=OFF
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> depends_build-append \
                     port:eigen3 \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:pkgconfig
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:pkgconfig \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:swig
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib-append  path:lib/pkgconfig/cairo.pc:cairo \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    port:libiconv \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:boost \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:coordgen \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    path:lib/pkgconfig/cairo.pc:cairo \
</span>                     port:libxml2 \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:maeparser \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:python${py_ver_nodot} \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:rapidjson \
</span>                     port:zlib
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.args-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant native description {Enable CPU-specific optimizations} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.args-replace \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DOPTIMIZE_NATIVE=OFF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DOPTIMIZE_NATIVE=ON
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant gui description {Build the OpenBabelGUI} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    wxWidgets.use   wxWidgets-3.2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_lib-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:${wxWidgets.port}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.args-replace \
</span>                     -DBUILD_GUI=OFF \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    -DBUILD_TESTING=OFF \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    -DPYTHON_BINDINGS=OFF
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DBUILD_GUI=ON
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.args-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    -DwxWidgets_CONFIG_EXECUTABLE=${wxWidgets.wxconfig}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# install the Python package at the correct place; cannot figure out
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# how to tell CMake this directly....
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+post-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -d ${destroot}${frameworks_dir}/Python.framework/Versions/${py_ver}/lib/python${py_ver}/site-packages
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    move ${destroot}${prefix}/lib/python${py_ver}/site-packages/openbabel ${destroot}${frameworks_dir}/Python.framework/Versions/${py_ver}/lib/python${py_ver}/site-packages
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/openbabel/files/patch-cmake-coordgen.diff b/science/openbabel/files/patch-cmake-coordgen.diff
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 00000000000..83e6bc9a154
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/openbabel/files/patch-cmake-coordgen.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,47 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+From b6887a8a82162278983a8489e365e61a0372b1b8 Mon Sep 17 00:00:00 2001
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+From: Benny Siegert <bsiegert@gmail.com>
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Date: Wed, 4 Nov 2020 20:31:17 +0100
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Subject: [PATCH] Do not search for coordgen template files.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+The coordgen upstream does not install the template file. It is
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+also not required at runtime, since its contents are compiled into
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+the coordgen library itself.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Fixes #2214
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+---
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ cmake/modules/Findcoordgen.cmake | 13 +------------
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 1 file changed, 1 insertion(+), 12 deletions(-)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+diff --git a/cmake/modules/Findcoordgen.cmake b/cmake/modules/Findcoordgen.cmake
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+index ded0a4de7..9bc5c9557 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- a/cmake/modules/Findcoordgen.cmake
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ b/cmake/modules/Findcoordgen.cmake
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -6,7 +6,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # coordgen_INCLUDE_DIRS   - CoordGen's includes directory
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # coordgen_LIBRARIES      - CoordGen's shared libraries
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-# coordgen_TEMPLATE_FILE  - CoordGen templates file
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -28,19 +27,9 @@ find_library(coordgen_LIBRARIES
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ message(STATUS "coordgen libraries set as '${coordgen_LIBRARIES}'")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-# Just in case, add parent directory above libraries to templates search hints
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-get_filename_component(libs_parent_dir ${coordgen_LIBRARIES} PATH)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-find_file(coordgen_TEMPLATE_FILE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    NAMES templates.mae
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    HINTS ${coordgen_DIR} ${libs_parent_dir}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    PATH_SUFFIXES "share" "share/coordgen"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-    DOC "templates file for coordgen"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-message(STATUS "coordgen templates file set as '${coordgen_TEMPLATE_FILE}'")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ find_package_handle_standard_args(coordgen FOUND_VAR coordgen_FOUND
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                                   REQUIRED_VARS coordgen_INCLUDE_DIRS
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-                                  coordgen_LIBRARIES coordgen_TEMPLATE_FILE)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++                                  coordgen_LIBRARIES)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>