<pre style='margin:0'>
Renee Otten (reneeotten) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/187b5b6853d05da8a4c90b3c518d3a90169257e1">https://github.com/macports/macports-ports/commit/187b5b6853d05da8a4c90b3c518d3a90169257e1</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 187b5b6853d memesuite: update to version 5.5.0
</span>187b5b6853d is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 187b5b6853d05da8a4c90b3c518d3a90169257e1
</span>Author: Timothy Bailey <tlawbailey@gmail.com>
AuthorDate: Mon Nov 14 17:14:08 2022 -0800

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    memesuite: update to version 5.5.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    * bed2fasta: new command for creating sequence FASTA files from BED files
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    * update-sequence-db: enhancements for easier downloading of public sequence databases
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    * fix bugs in STREME, MOMO, MEME, FIMO, GLAM2 and AMA
</span>---
 science/memesuite/Portfile | 45 ++++++++++++++++++---------------------------
 1 file changed, 18 insertions(+), 27 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/memesuite/Portfile b/science/memesuite/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 24fc25560ab..fd3a0118c1a 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/memesuite/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/memesuite/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -3,8 +3,8 @@
</span> PortSystem          1.0
 
 name                memesuite
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-version             5.4.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+version             5.5.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span> 
 categories          science biology
 platforms           darwin linux
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -16,15 +16,14 @@ maintainers         {@CharlesEGrant uw.edu:cegrant} \
</span> 
 description         Motif analysis toolkit
 long_description    MEME-Suite is a collection of tools for the analysis of \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    motifs in DNA and proteins.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    motifs in DNA, RNA and proteins.
</span> homepage            https://meme-suite.org
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-master_sites        https://meme-suite.org/meme/meme-software/${version}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+master_sites        ${homepage}/meme/meme-software/${version}
</span> distname            meme-${version}
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  374da0b9e887c839544f0b256fb9530af85b10a9 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  c07fb8afafa60fc5e84ca24493c82fa6f4bd1df1a2622102edbf86a1c30fd11f \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    52143122
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  a068ad5b3cc70149477d3b0d7f00e231a628f865 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  bc6f693bf5d81778b4e2901c2164c35c68f42ed080e2401b6e22960bf039a272 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    52764373
</span> 
 set perl_vers       5.34
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -43,35 +42,27 @@ depends_lib         port:expat \
</span>                     port:p${perl_vers}-xml-simple \
                     port:python310 \
                     port:py310-gnureadline \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:libxml2 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:libxslt \
</span>                     port:zlib
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.args      --enable-build-libxml2 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    --enable-build-libxslt \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    --with-python=${prefix}/bin/python3.10 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.args      --with-python=${prefix}/bin/python3.10 \
</span>                     --with-perl=${prefix}/bin/perl${perl_vers} \
                     --with-gs=${prefix}/bin/gs
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# To be uncommented for release 5.4.2
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#
</span> # Make serial version of MEME.
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#variant serial description {Build MEME for serial mode.} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#                    configure.args-append --enable-serial
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant serial description {Build MEME for serial mode.} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    configure.args-append --enable-serial
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span> 
 # Make parallel version of MEME using MacPorts port of openmpi.
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#variant parallel description {Build MEME for parallel mode.} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#                    depends_lib-append port:openmpi
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#                    configure.args-append --with-mpidir=${prefix}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-notes {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    The MEME Suite is free for educational, research, and non-profit purposes.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    Commercial users should obtain a license, as described here:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    https://meme-suite.org/meme/doc/copyright.html.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant parallel description {Build MEME for parallel mode.} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    depends_lib-append port:openmpi
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    configure.args-append --with-mpidir=${prefix}
</span> }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+notes "Commercial users should obtain a license as described here: https://meme-suite.org/meme/doc/copyright.html."
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> test.run            yes
 
 livecheck.type      regex
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>