<pre style='margin:0'>
Herby Gillot (herbygillot) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/5dfadd6bd398fda19fbc099498afdb4b74ed9c1e">https://github.com/macports/macports-ports/commit/5dfadd6bd398fda19fbc099498afdb4b74ed9c1e</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new 5dfadd6bd39 py-plumed: update to 2.9.0
</span>5dfadd6bd39 is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 5dfadd6bd398fda19fbc099498afdb4b74ed9c1e
</span>Author: Giovanni Bussi <giovanni.bussi@gmail.com>
AuthorDate: Sun May 28 11:03:54 2023 +0200

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    py-plumed: update to 2.9.0
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Note: tests are done with pytest now
</span>---
 python/py-plumed/Portfile                          | 24 +++-----
 .../files/0001-Fix-python-version-file.patch       | 68 ----------------------
 2 files changed, 8 insertions(+), 84 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/python/py-plumed/Portfile b/python/py-plumed/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index db15e49630e..ca7db671666 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/python/py-plumed/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/python/py-plumed/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -4,7 +4,7 @@ PortSystem          1.0
</span> PortGroup           python 1.0
 PortGroup           github 1.0
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-github.setup        plumed plumed2 2.8.0 v
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        plumed plumed2 2.9.0 v
</span> name                py-plumed
 
 categories-append   science
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -16,18 +16,15 @@ long_description    ${description} They allow the plumed library to be directly
</span> 
 homepage            https://www.plumed.org
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  841a9a9c06fe3b0af921839b9e8fa1de509939da \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  b2bafea1c763c1cf65b6b1a3ede5b9c6d82b80ff7e41e0b8517a1fcd5f5e6fde \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    107835309
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  af05bf43a7df583cf21c7cb2374cceea7dfe4066 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  63e01c425c59e4921429fb79d03710b5d115e47fc8025a165477c6807cbf0014 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    116844795
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-python.versions     37 38 39 310
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+python.versions     37 38 39 310 311
</span> 
 # python setup is located in python subdir of plumed repository
 worksrcdir  ${distname}/python
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles          0001-Fix-python-version-file.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patch.pre_args      -p1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span> if {${name} ne ${subport}} {
 
 # setup the wrappers so that by default they load MacPorts plumed library
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -39,17 +36,12 @@ if {${name} ne ${subport}} {
</span> 
     depends_lib-append      path:${prefix}/lib/libplumedKernel.dylib:plumed
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    depends_test-append     port:py${python.version}-nose \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    depends_test-append     port:py${python.version}-pytest \
</span>                             port:py${python.version}-numpy \
                             port:py${python.version}-pandas
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    pre-test {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        # needed since the module is placed in something like ${worksrcpath}/build/lib.macosx-10.11-x86_64-3.7
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        test.env            PYTHONPATH=[glob -nocomplain ${worksrcpath}/build/lib*]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    test.cmd                nosetests-${python.branch}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    test.target
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    test.cmd                pytest-${python.branch}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    test.target             -v
</span>     test.run                yes
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/python/py-plumed/files/0001-Fix-python-version-file.patch b/python/py-plumed/files/0001-Fix-python-version-file.patch
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index d27fb0cf6fc..00000000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/python/py-plumed/files/0001-Fix-python-version-file.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,68 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-From 8c6fddffa94a5242bf64957bda2b51b6e3526f07 Mon Sep 17 00:00:00 2001
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-From: Giovanni Bussi <giovanni.bussi@gmail.com>
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-Date: Wed, 23 Feb 2022 11:38:51 +0100
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-Subject: [PATCH] Fix python version file
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>----
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- python/MANIFEST.in | 2 +-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- python/Makefile    | 5 +++--
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- python/setup.py    | 4 ++--
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 3 files changed, 6 insertions(+), 5 deletions(-)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-diff --git a/MANIFEST.in b/MANIFEST.in
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-index 60433df7c..2004b38cd 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- a/MANIFEST.in
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ b/MANIFEST.in
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -1,4 +1,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--include VERSION
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+include PLUMED_VERSION
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- include include/Plumed.h
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- include plumed.pyx
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- include cplumed.pxd
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-diff --git a/Makefile b/Makefile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-index ffb746b66..967955d2d 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- a/Makefile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ b/Makefile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -29,7 +29,7 @@ all:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- pip:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  cp ../VERSION .
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  cp ../VERSION ./PLUMED_VERSION
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   mkdir -p include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   cp ../src/wrapper/Plumed.h include/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -44,6 +44,7 @@ pypi:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   mkdir -p pypi/include
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   cp -r test pypi/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   cp ../src/wrapper/Plumed.h pypi/include/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  cp README.rst MANIFEST.in cplumed.pxd plumed.pyx setup.py ../VERSION pypi/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  cp README.rst MANIFEST.in cplumed.pxd plumed.pyx setup.py pypi/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  cp ../VERSION pypi/PLUMED_VERSION
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   cd pypi ; $(python_bin) setup.py sdist
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   echo "now use: $(python_bin) -m twine upload dist/plumed-$(VERSION).tar.gz"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-diff --git a/setup.py b/setup.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-index 7ad0903d4..cd3b30e83 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- a/setup.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ b/setup.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -40,7 +40,7 @@ def is_platform_mac():
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     return sys.platform == 'darwin'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- if os.getenv("plumed_macports") is not None:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    copyfile("../VERSION","VERSION")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    copyfile("../VERSION","PLUMED_VERSION")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     try:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         os.mkdir("include")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     except OSError:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -53,7 +53,7 @@ if plumedname is None:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- plumedversion = os.getenv("plumed_version")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- if plumedversion is None:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--    plumedversion = subprocess.check_output(['grep','-v','#','./VERSION']).decode("utf-8").rstrip()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+    plumedversion = subprocess.check_output(['grep','-v','#','./PLUMED_VERSION']).decode("utf-8").rstrip()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- print( "Module name " + plumedname )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- print( "Version number " + plumedversion )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-2.35.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>