<pre style='margin:0'>
Herby Gillot (herbygillot) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/f586db7c8e8481de02a9c1c55e057d578c1a78db">https://github.com/macports/macports-ports/commit/f586db7c8e8481de02a9c1c55e057d578c1a78db</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit f586db7c8e8481de02a9c1c55e057d578c1a78db
</span>Author: barracuda156 <vital.had@gmail.com>
AuthorDate: Sun Jul 16 19:59:22 2023 +0800

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    R-gpboost: update to 1.2.3, drop patches merged to upstream
</span>---
 R/R-gpboost/Portfile                        | 16 +++++----------
 R/R-gpboost/files/patch-unbreak-openmp.diff | 30 -----------------------------
 R/R-gpboost/files/patch-unbreak-ppc.diff    | 20 -------------------
 3 files changed, 5 insertions(+), 61 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/R/R-gpboost/Portfile b/R/R-gpboost/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 7f96d6b8302..3f5fd848592 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/R/R-gpboost/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/R/R-gpboost/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -4,22 +4,16 @@ PortSystem          1.0
</span> PortGroup           R 1.0
 
 # GitHub version is outdated.
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-R.setup             cran fabsig gpboost 1.2.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+R.setup             cran fabsig gpboost 1.2.3
</span> revision            0
 categories-append   math
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-maintainers         nomaintainer
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+maintainers         {@barracuda156 gmail.com:vital.had} openmaintainer
</span> license             Apache-2
 description         Combining tree-boosting with Gaussian process and mixed effects models
 long_description    {*}${description}
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  17d46e7fb234f316502227f0a9dd4d46a948b0be \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  25615853e46019c4af36b06bb92b757ed23134478fbe1d6f2d7a2482a2ffa13a \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    1995989
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# OpenMP detected is broken: https://github.com/fabsig/GPBoost/issues/95
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# Also it uses an outdated Eigen with yet unfixed Altivec headers.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-# For now, just disable vectorization on PowerPC.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles          patch-unbreak-openmp.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    patch-unbreak-ppc.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  b03000349476c865190b1a432c8fc24a76f5fc2d \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  0359386bb75b7c511d26d0c763dd2a95182f234405886c9bc53f0cd735c5c33a \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    1994164
</span> 
 depends_lib-append  port:R-data.table \
                     port:R-R6 \
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/R/R-gpboost/files/patch-unbreak-openmp.diff b/R/R-gpboost/files/patch-unbreak-openmp.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 2c28123678b..00000000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/R/R-gpboost/files/patch-unbreak-openmp.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,30 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- configure.orig 2023-06-15 02:57:58.000000000 +0800
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ configure      2023-06-15 14:14:56.000000000 +0800
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -1757,7 +1757,9 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- if test `uname -s` = "Darwin"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- then
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     OPENMP_CXXFLAGS='-Xclang -fopenmp'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+if clang --version | grep -i "clang" >/dev/null; then
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     OPENMP_LIB='-lomp'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+fi
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     ac_pkg_openmp=no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether OpenMP will work in a package" >&5
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- $as_echo_n "checking whether OpenMP will work in a package... " >&6; }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -1781,7 +1783,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-             rm ./conftest
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         fi
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         OPENMP_CXXFLAGS="-fopenmp"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--        ${CXX} ${CPPFLAGS} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} ${OPENMP_CXXFLAGS} ${OPENMP_LIB} -o conftest conftest.cpp 2>/dev/null && ./conftest && ac_pkg_openmp=yes
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+        ${CXX} ${CPPFLAGS} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} ${OPENMP_CXXFLAGS} -o conftest conftest.cpp 2>/dev/null && ./conftest && ac_pkg_openmp=yes
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     fi
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: ${ac_pkg_openmp}" >&5
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -1792,8 +1794,6 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         echo '***********************************************************************************************'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         echo ' OpenMP is unavailable on this macOS system. GPBoost code will run single-threaded as a result.'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         echo ' To use all CPU cores for training jobs, you should install OpenMP by running'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--        echo ''
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--        echo '     brew install libomp'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-         echo '***********************************************************************************************'
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     fi
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- fi
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/R/R-gpboost/files/patch-unbreak-ppc.diff b/R/R-gpboost/files/patch-unbreak-ppc.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 323f2fe33d7..00000000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/R/R-gpboost/files/patch-unbreak-ppc.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,20 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- src/include/Eigen/Core.orig    2023-06-15 02:57:40.000000000 +0800
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ src/include/Eigen/Core 2023-06-15 13:39:08.000000000 +0800
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -199,7 +199,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/SSE/TypeCasting.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/SSE/MathFunctions.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/SSE/Complex.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--#elif defined(EIGEN_VECTORIZE_ALTIVEC) || defined(EIGEN_VECTORIZE_VSX)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+#elif (defined(EIGEN_VECTORIZE_ALTIVEC) || defined(EIGEN_VECTORIZE_VSX)) && !defined(__APPLE__)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/AltiVec/PacketMath.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/AltiVec/MathFunctions.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/AltiVec/Complex.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -339,7 +339,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #include "src/Core/CoreIterators.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #include "src/Core/ConditionEstimator.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--#if defined(EIGEN_VECTORIZE_ALTIVEC) || defined(EIGEN_VECTORIZE_VSX)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+#if (defined(EIGEN_VECTORIZE_ALTIVEC) || defined(EIGEN_VECTORIZE_VSX)) && !defined(__APPLE__)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/AltiVec/MatrixProduct.h"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #elif defined EIGEN_VECTORIZE_NEON
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   #include "src/Core/arch/NEON/GeneralBlockPanelKernel.h"
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>