<pre style='margin:0'>
Ryan Schmidt (ryandesign) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/b80f18c510272a9f612efc7bbcf09ba5b0f5d2ca">https://github.com/macports/macports-ports/commit/b80f18c510272a9f612efc7bbcf09ba5b0f5d2ca</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit b80f18c510272a9f612efc7bbcf09ba5b0f5d2ca
</span>Author: Ryan Schmidt <ryandesign@macports.org>
AuthorDate: Thu Jul 27 01:47:43 2023 -0500

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    htslib: Update to 1.18
</span>---
 science/htslib/Portfile             | 12 ++++++---
 science/htslib/files/implicit.patch | 49 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 2 files changed, 57 insertions(+), 4 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/htslib/Portfile b/science/htslib/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 48d5929f17a..e2199785f5b 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/htslib/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/htslib/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -3,11 +3,11 @@
</span> PortSystem              1.0
 PortGroup               github 1.0
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-github.setup            samtools htslib 1.17
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup            samtools htslib 1.18
</span> revision                0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums               rmd160  e88a2615ece3e417a7db334c072cfed2a12e9c54 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                        sha256  763779288c40f07646ec7ad98b96c378c739171d162ad98398868783b721839f \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                        size    4619884
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums               rmd160  85360b74303446cba03e77c69980c6b1f5b8ce8b \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        sha256  f1ab53a593a2320a1bfadf4ef915dae784006c5b5c922c8a8174d7530a9af18f \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        size    4753217
</span> 
 categories              science
 maintainers             {ryandesign @ryandesign} openmaintainer
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -27,10 +27,14 @@ use_bzip2               yes
</span> 
 depends_lib             port:bzip2 \
                         port:curl \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        port:libdeflate \
</span>                         port:xz \
                         port:zlib
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles              implicit.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> configure.args          --enable-bz2 \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                        --with-libdeflate \
</span>                         --enable-gcs \
                         --enable-libcurl \
                         --enable-lzma
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/htslib/files/implicit.patch b/science/htslib/files/implicit.patch
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 00000000000..ba53e30082e
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/htslib/files/implicit.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,49 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+Fix:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+conftest.c:135:14: error: implicit declaration of function 'getpagesize' is invalid in C99 [-Werror,-Wimplicit-function-declaration]
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+https://bugs.gentoo.org/898816
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+https://git.savannah.gnu.org/cgit/autoconf.git/commit/?id=028526149ee804617a302ccef22cc6adbda681b0
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+https://git.savannah.gnu.org/cgit/autoconf.git/commit/?id=33c26d2700f927432c756ccf7a4fc89403d35b95
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- configure.orig 2023-07-25 03:52:34.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ configure      2023-07-27 01:42:39.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -4881,11 +4881,14 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ char *malloc ();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-/* This mess was copied from the GNU getpagesize.h.  */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#ifndef HAVE_GETPAGESIZE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#ifndef getpagesize
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # ifdef _SC_PAGESIZE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#  define getpagesize() sysconf(_SC_PAGESIZE)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-# else /* no _SC_PAGESIZE */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#  define getpagesize() sysconf (_SC_PAGESIZE)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++# elif defined _SC_PAGE_SIZE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#  define getpagesize() sysconf (_SC_PAGE_SIZE)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++# elif HAVE_GETPAGESIZE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++int getpagesize ();
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++# else
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #  ifdef HAVE_SYS_PARAM_H
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #   include <sys/param.h>
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #   ifdef EXEC_PAGESIZE
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -4909,16 +4912,15 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #  else /* no HAVE_SYS_PARAM_H */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #   define getpagesize() 8192     /* punt totally */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ #  endif /* no HAVE_SYS_PARAM_H */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-# endif /* no _SC_PAGESIZE */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-#endif /* no HAVE_GETPAGESIZE */
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++# endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++#endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ int
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-main ()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++main (void)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   char *data, *data2, *data3;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   const char *cdata2;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-  int i, pagesize;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  long i, pagesize;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   int fd, fd2;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+   pagesize = getpagesize ();
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>