<pre style='margin:0'>
Herby Gillot (herbygillot) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/226e6ff7c13f95d0397d821238d724664f83477b">https://github.com/macports/macports-ports/commit/226e6ff7c13f95d0397d821238d724664f83477b</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 226e6ff7c13f95d0397d821238d724664f83477b
</span>Author: Sergey Fedorov <vital.had@gmail.com>
AuthorDate: Tue Oct 31 10:59:17 2023 +0800

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    R PG: update with minor fixes
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    Closes: https://trac.macports.org/ticket/68139
</span>---
 _resources/port1.0/group/R-1.0.tcl | 22 +++++++++++++++-------
 1 file changed, 15 insertions(+), 7 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/_resources/port1.0/group/R-1.0.tcl b/_resources/port1.0/group/R-1.0.tcl
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index d7bea9649e6..71d7b5cc24c 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/_resources/port1.0/group/R-1.0.tcl
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/_resources/port1.0/group/R-1.0.tcl
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -54,17 +54,19 @@ proc R.setup {domain author package version {R_tag_prefix ""} {R_tag_suffix ""}}
</span>             worksrcdir      ${R.package}
             livecheck.type  none
         }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        # r-universe is a development & testing site; generally, it should not be used as a source.
</span>         r-universe {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        # r-universe is a development & testing site; generally, it should not be used as a source.
</span>             homepage        https://${R.author}.r-universe.dev
             master_sites    https://${R.author}.r-universe.dev/src/contrib
             distname        ${R.package}_${version}
             worksrcdir      ${R.package}
             livecheck.type  none
         }
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        # Packages seem to get updated on Bioconductor in bulk few times a year.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        # Up-to-date versions can be found on GitHub instead.
</span>         bioconductor {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        # Packages normally get updated on Bioconductor in bulk twice a year.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        # Development versions can be found on GitHub. However, Bioconductor upstream recommends
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        # to keep its packages in sync pegged to a current Bioconductor release
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        # for the sake of better compatibility.
</span>             homepage        https://bioconductor.org/packages/${R.package}
             master_sites    https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/ \
                             https://www.bioconductor.org/packages/release/data/experiment/src/contrib/ \
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -180,8 +182,9 @@ configure.pre_args-delete \
</span> # It does by default try to produce documentation, however, which introduces extra dependencies.
 configure.cmd       ${r.cmd} CMD build .
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-configure.post_args --no-manual --no-build-vignettes
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# Re --keep-empty-dirs see discussion in: https://github.com/Bioconductor/BSgenomeForge/issues/35
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+configure.post_args --no-manual --no-build-vignettes --keep-empty-dirs
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    
</span> # We build in destroot.
 build { }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -193,7 +196,10 @@ pre-destroot {
</span> 
 destroot.cmd        ${r.cmd} CMD INSTALL .
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-destroot.post_args --library=${destroot}${packages}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# Notice that while we install tests to make them available to the user,
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# in a case of testthat running test_check("${R.package}") from within R session will not work.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# It has been left broken by upstream for years, see: https://github.com/r-lib/testthat/issues/205
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+destroot.post_args --library=${destroot}${packages} --install-tests
</span> destroot.target
 
 post-destroot {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -203,6 +209,8 @@ post-destroot {
</span> # Default can be changed once the majority of packages implement testing:
 default test.run    no
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# We do not need to check rebuilding vignettes, since that often requires Tex and even Pandoc,
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+# and we do not want these as dependencies for tests. It also wastes time.
</span> test {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    system -W ${worksrcpath} "${r.cmd} CMD check ./${R.package}_${version}${suffix}"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    system -W ${worksrcpath} "${r.cmd} CMD check ./${R.package}_${version}${suffix} --ignore-vignettes"
</span> }
</pre><pre style='margin:0'>

</pre>