<pre style='margin:0'>
Renee Otten (reneeotten) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/731af64c6dc239bf79ca4e77c2ea5261f81b7ddb">https://github.com/macports/macports-ports/commit/731af64c6dc239bf79ca4e77c2ea5261f81b7ddb</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8"><span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit 731af64c6dc239bf79ca4e77c2ea5261f81b7ddb
</span>Author: jwhowarth <howarth.mailing.lists@gmail.com>
AuthorDate: Thu Jun 6 11:23:47 2024 -0400

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    pdb2pqr: update to 3.6.2
</span>---
 science/pdb2pqr/Portfile                       | 88 +++++++++++---------------
 science/pdb2pqr/files/skip-network-tests.patch | 88 ++++++++++++++++++++++++++
 2 files changed, 124 insertions(+), 52 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/pdb2pqr/Portfile b/science/pdb2pqr/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 271f3fe7706..4583ddaa5be 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/pdb2pqr/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/pdb2pqr/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -2,66 +2,50 @@
</span> 
 PortSystem          1.0
 PortGroup           python 1.0
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+PortGroup           github 1.0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-name                pdb2pqr
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-version             2.1.1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-categories          science
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-maintainers         {gmail.com:howarth.at.macports @jwhowarth}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-description         automate Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-long_description    PDB2PQR is a Python software package that automates many of the \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    common tasks of preparing structures for continuum electrostatics \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    calculations, providing a platform-independent utility for converting \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    protein files in PDB format to PQR format.
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-homepage            http://pdb2pqr.sourceforge.net/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-platforms           darwin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-master_sites        sourceforge:project/pdb2pqr/pdb2pqr/pdb2pqr-${version}/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-distfiles           ${name}-src-${version}.tar.gz
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  b08fc9118cc3b96f57af510829e58af14bbefe16 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  c2b14b0c95ffd76c910af108541a34beaea5f5c2e44246a61640644b2990c3cb \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    14711417
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        Electrostatics pdb2pqr 3.6.2 v
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.tarball_from tarball
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-python.default_version  27
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+supported_archs     noarch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+platforms           {darwin any}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+license             BSD
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+categories          science python
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+maintainers         {gmail.com:howarth.at.macports @jwhowarth} openmaintainer
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-worksrcdir          ${name}-src-${version}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+description         Preparation of protein structures for electrostatics calculations
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+long_description    {*}${description}
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-depends_lib         port:py${python.version}-numeric
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  671dd46f19e3017106962d98d927d65afaee9293 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  b81f582d2bca3158c3c55dc35598197516e0fc7998556b401c05282bcbaa4a1e \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    13391564
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-post-patch {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    fs-traverse f ${worksrcpath} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        if {[file isfile ${f}] && [file extension ${f}] eq ".py"} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            reinplace -E "s,(/usr/bin/python|/usr/bin/env python),${prefix}/bin/python${python.branch},g" ${f}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+python.default_version 312
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+pre-patch {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    foreach f {core_test.py propka_test.py ligand_test.py regression_test.py logging_test.py} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+        system "dos2unix \"${worksrcpath}/tests/${f}\""
</span>     }
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-build.cmd           ${prefix}/bin/python${python.branch} scons/scons.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-build.target
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-build.args          BUILD_PDB2PKA=True
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-test.run            yes
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-test.cmd            ${prefix}/bin/python${python.branch} scons/scons.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-test.target         complete-test
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          skip-network-tests.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patch.pre_args      -p1
</span> 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-pre-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    fs-traverse f ${worksrcpath} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        if {[file isfile ${f}] && [file extension ${f}] eq ".pyc"} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-            delete ${f}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    foreach f {build_config.py pdb2pqr.py.in tools SConscript-error.py SConscript-install.py SConscript-main.py SConscript scons site_scons} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-        delete ${worksrcpath}/${f}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-destroot {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      move ${worksrcpath} ${destroot}${prefix}/share/${name}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      system "echo '#!/bin/zsh -f' >| ${destroot}${prefix}/bin/pdb2pqr"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      system "echo '${prefix}/bin/python${python.branch} ${prefix}/share/${name}/pdb2pqr.py \"\$@\"' >> ${destroot}${prefix}/bin/pdb2pqr"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      file attributes ${destroot}${prefix}/bin/pdb2pqr -permissions a+x
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      file attributes ${destroot}${prefix}/share/${name}/propka30/propka.py -permissions a+x
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      system "echo '#!/bin/zsh -f' >| ${destroot}${prefix}/bin/propka"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      system "echo '${prefix}/share/${name}/propka30/propka.py \"\$@\"' >> ${destroot}${prefix}/bin/propka"
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-      file attributes ${destroot}${prefix}/bin/propka -permissions a+x
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+post-patch {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    file delete ${worksrcpath}/pdb2pka
</span> }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-universal_variant no
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_patch-append \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:dos2unix
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_lib-append  port:py${python.version}-docutils \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:py${python.version}-mmcif_pdbx \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:py${python.version}-numpy \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:propka \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:py${python.version}-requests
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+depends_test-append port:py${python.version}-pandas \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    port:py${python.version}-testfixtures
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+test.run            yes
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/pdb2pqr/files/skip-network-tests.patch b/science/pdb2pqr/files/skip-network-tests.patch
</span>new file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 00000000000..dff504129db
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--- /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/pdb2pqr/files/skip-network-tests.patch
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -0,0 +1,88 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- a/tests/core_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ b/tests/core_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -48,6 +48,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ # fmt: on
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++@pytest.mark.skip(reason="not running tests requiring network access")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize("input_pdb", list(SHORT_SET), ids=str)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ def test_short_pdb(input_pdb, tmp_path):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     """Non-regression tests on short list of PDB-format biomolecules."""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -61,6 +62,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++@pytest.mark.skip(reason="not running tests requiring network access")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize("input_pdb", list(SHORT_SET), ids=str)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ def test_basic_cif(input_pdb, tmp_path):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     """Non-regression tests on short list of CIF-format biomolecules."""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -74,6 +76,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++@pytest.mark.skip(reason="not running tests requiring network access")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize("input_pdb", list(LONG_SET), ids=str)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.long_test
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ def test_long_pdb(input_pdb, tmp_path):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- a/tests/propka_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ b/tests/propka_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -4,6 +4,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ import common
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++@pytest.mark.skip(reason="not running tests requiring network access")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize(
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     "input_pdb", ["1K1I", "1AFS", "1FAS", "5DV8", "5D8V"], ids=str
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -22,6 +23,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++@pytest.mark.skip(reason="not running tests requiring network access")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize(
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     "input_pdb", ["1K1I", "1AFS", "1FAS", "5DV8", "5D8V"], ids=str
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- a/tests/ligand_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ b/tests/ligand_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -173,6 +173,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+             _LOGGER.debug(str_)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++@pytest.mark.skip(reason="not running tests requiring network access")
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize("input_pdb", ["1HPX"], ids=str)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ def test_ligand_biomolecule(input_pdb, tmp_path):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     """PROPKA non-regression tests on biomolecules without ligands."""
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- a/tests/regression_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ b/tests/regression_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -17,13 +17,13 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+             common.DATA_DIR / "1AFS_ff=AMBER.pqr",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+             id="1AFS basic local",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         ),
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        pytest.param(
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-            "--log-level=INFO --ff=AMBER",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-            "1AFS",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-            "output.pqr",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-            common.DATA_DIR / "1AFS_ff=AMBER.pqr",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-            id="1AFS basic remote",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        ),
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        # pytest.param(
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        #     "--log-level=INFO --ff=AMBER",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        #     "1AFS",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        #     "output.pqr",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        #     common.DATA_DIR / "1AFS_ff=AMBER.pqr",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        #     id="1AFS basic remote",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        # ),
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     ],
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ )
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ def test_basic(args, input_pdb, output_pqr, expected_pqr, tmp_path):
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- a/tests/logging_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ b/tests/logging_test.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -8,7 +8,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+ @pytest.mark.parametrize(
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     "input_file,output_file",
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     [
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+-        ("1FAS.pdb", "1FAS_pdb.pqr"),
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++        # ("1FAS.pdb", "1FAS_pdb.pqr"),
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+         ("1A1P.pdb", "1A1P_assign-only_whitespace_ff=AMBER_log.pqr"),
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     ],
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+     ids=str,
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>