<pre style='margin:0'>
Renee Otten (reneeotten) pushed a commit to branch master
in repository macports-ports.

</pre>
<p><a href="https://github.com/macports/macports-ports/commit/a1a57d65c594239a5848d85c5de2c946faa2c21e">https://github.com/macports/macports-ports/commit/a1a57d65c594239a5848d85c5de2c946faa2c21e</a></p>
<pre style="white-space: pre; background: #F8F8F8">The following commit(s) were added to refs/heads/master by this push:
<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>     new a1a57d65c59 muscle: update to 5.2
</span>a1a57d65c59 is described below

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808000;'>commit a1a57d65c594239a5848d85c5de2c946faa2c21e
</span>Author: Renee Otten <reneeotten@macports.org>
AuthorDate: Mon Nov 4 10:55:30 2024 -0500

<span style='display:block; white-space:pre;color:#404040;'>    muscle: update to 5.2
</span>---
 science/muscle/Portfile                          |  22 +-
 science/muscle/files/patch-Makefile.diff         | 372 ++++++++++++++++++++---
 science/muscle/files/patch-no-zero-redefine.diff |  51 ----
 3 files changed, 344 insertions(+), 101 deletions(-)

<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/muscle/Portfile b/science/muscle/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 88243ad2024..6b270d2b8a7 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/muscle/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/muscle/Portfile
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -4,9 +4,9 @@ PortSystem          1.0
</span> PortGroup           github 1.0
 PortGroup           makefile 1.0
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-github.setup        rcedgar muscle 5.1 v
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+github.setup        rcedgar muscle 5.2 v
</span> github.tarball_from archive
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-revision            1
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+revision            0
</span> 
 categories          science
 license             GPL-3
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -17,23 +17,27 @@ long_description    ${description}
</span> 
 homepage            https://drive5.com/muscle5
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-checksums           rmd160  7c677354cf9974e8f7a8e5b9873250b8123059fb \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    sha256  091d9f8733b92ff106c2a8eb274d1e5a57960d397a2068d8638d6002e8880dab \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    size    183891
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+checksums           rmd160  81b22c2b418ad30db07530406a4c7382a6717bc1 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    sha256  7aff1473241a36da94a88f37920a343fae91d2b6faae22e15c06591d1d0339b6 \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    size    14085673
</span> 
 compiler.openmp_version 2.5
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-patchfiles          patch-gitver.txt.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    patch-Makefile.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                    patch-no-zero-redefine.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+patchfiles          patch-Makefile.diff \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+                    patch-gitver.txt.diff
</span> 
 post-patch {
     reinplace "s|@@VERSION@@|\"${version}\"|g" ${worksrcpath}/src/gitver.txt
 }
 
<span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+variant native description {Build with best native support for local CPU capabilities} {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.cppflags-append -mtune=native
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    configure.optflags-replace -Os -O3
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+}
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span> build.dir           ${worksrcpath}/src
 build.target
 
 destroot {
<span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    xinstall -m 0755 -W ${worksrcpath}/src/Darwin muscle ${destroot}${prefix}/bin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+    xinstall -m 0755 -W ${worksrcpath}/bin muscle ${destroot}${prefix}/bin
</span> }
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/muscle/files/patch-Makefile.diff b/science/muscle/files/patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index b0b6067c4cc..2f47cf23b6a 100644
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/muscle/files/patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ b/science/muscle/files/patch-Makefile.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,41 +1,331 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- src/Makefile.orig      2022-01-26 09:52:25.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ src/Makefile   2022-01-26 09:53:37.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -20,13 +20,10 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- CPPFLAGS := $(CPPFLAGS) -DNDEBUG -pthread
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- CXX := g++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--ifeq ($(OS),Darwin)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  CXX := g++-11
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -O3 -fopenmp -ffast-math
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -fopenmp -ffast-math
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--LDFLAGS := $(LDFLAGS) -O3 -fopenmp -pthread -lpthread
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+LDFLAGS := $(LDFLAGS) -fopenmp -pthread -lpthread
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- ifeq ($(OS),Linux)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-     LDFLAGS += -static
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -37,15 +34,12 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- .PHONY: clean
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--$(OS)/muscle : gitver.txt $(OS)/ $(OBJS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+$(OS)/muscle : $(OS)/ $(OBJS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   $(CXX) $(LDFLAGS) $(OBJS) -o $@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   # Warning: do not add -d option to strip, this is not portable
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   strip $(OS)/muscle
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--gitver.txt : $(SRCS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  bash ./gitver.bash
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- $(OS)/ :
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   mkdir -p $(OS)/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -53,4 +47,4 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $<
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- clean:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  rm -rf gitver.txt $(OS)/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  rm -rf $(OS)/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+File generated using "build_osx.bash" in muscle-5.2/src directory and
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+subsequently adapted for MacPorts
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+--- /dev/null      2024-11-04 11:03:46
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++++ src/Makefile   2024-11-04 11:03:05
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>+@@ -0,0 +1,325 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++######################################################
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++# Makefile is generated by vcxproj_make.py
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++# Don't edit the Makefile -- update the python script
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++######################################################
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++BINDIR := ../bin
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++OBJDIR := o
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++BINPATH := $(BINDIR)/muscle
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++CXX = CXX
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -ffast-math -fopenmp
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++UNAME_S := $(shell uname -s)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++LDFLAGS := $(LDFLAGS) -ffast-math -fopenmp
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++ifeq ($(UNAME_S),Linux)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++    LDFLAGS += -static
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++endif
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++HDRS = \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  alpha.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  alpha3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  bench.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  best3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  build_describe.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  build_time.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  cachemem3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  chainer.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  clustalweights.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  cmds.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  countsort.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  derep.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  diagbox.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  eacluster.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  ensemble.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  estring.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  filebuffer.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  flatmx.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  gobuff.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  gtbnode.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  gtbuilder.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  heatmapcolors.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  help.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  hmmparams.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  hmmscores.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  hmmtrans.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  kmerdist33.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  kmerdist66.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  kmerscan.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  locallock.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  m3alnparams.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mega.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mpcflat.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mpcflat_mega.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  msa.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  multisequence.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  muscle.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  muscle3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mx.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  myalloc.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  myopts.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mysparsemx.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  myutils.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  obj.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  objmgr.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  objtype.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  objtypes.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  omplock.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  pairhmm.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  pathinfo.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  pprog.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  pprog3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  pprog_mega.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  profile3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  profpos3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  pwpath.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  qscorer.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  qscorer2.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  qscorer3.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  quarts.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  scoretype.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  seq.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  seqinfo.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  sequence.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  simplecluster.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  sort.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  super4.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  super5.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  super6.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  super7.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  sweeper.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  swtrace.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  textfile.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  timing.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  tracebit.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  transaln.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  tree.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  treeperm.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  treesplitter.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  types.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  uclust.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  uclustpd.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  upgma5.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  usage.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  usorter.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  viterbiparams.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  xdpmem.h \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++OBJS = \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/addconfseq.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/align.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alignmsasbycols.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alnmsasflat_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/blosumsmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/bwdflat_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/calcpost.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_cmp_msa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_m3ensemble.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_mustang_core.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_newbench_pfamgroups.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_newbench_selectpfams.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_squeeze_inserts.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmp_ref_msas.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/fwdflat_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/getpostpairsalignedflat_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/hscore.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/loadinput.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/m3alnparams.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alignpairflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/allocflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alnalnsflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alnmsasbypath.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alnmsasflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alnmsasflat3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alnprof3sbypath.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alpha2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alpha3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/alpha6.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/assertsameseqs.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/bench.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_bench.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/bittraceback.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/blosum.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/clustalweights.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_batch.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/cmd_muscle3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/enumgrid.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/estring.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/build_guide_tree.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/calcalnscoresparse.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/eesort.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/gtbnode.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/heatmapcolors.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/jalview.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/kimuradist.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/kmerdist33.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/kmerdist66.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/letterconf.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/diagbox.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/buildposterior3flat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/buildpostflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/bwdflat3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/calcalnflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/calcalnscoreflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/calcposteriorflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/conspairflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/consflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/defaulthmmparams.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/derep.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/disperse.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/dividetree.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/eacluster.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/efabestcols.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/efabestconf.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/efaexplode.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/efastats.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/ensemble.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/fa2efa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/fwdflat3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/getpairs.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/getpostpairsalignedflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/letterconfhtml.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/logdistmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/logmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/m3refine.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/m3select.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/make_a2m.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/make_a2m_refseq.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/make_substmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/maxcc.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/mega_msas.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/mpcflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/eadistmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/eadistmxmsas.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/fasta.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/fasta2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/mpcflat_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/msaselfscore3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/muscle3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/mx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/myalloc.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/mysparsemx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/nwsmall3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/objmgr.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pathinfo.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/perturbhmm.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/getconsseq.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/globalinputms.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/guidetreejoinorder.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/hmmdump.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/hmmparams.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/jointrees.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/logaln.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/main.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/msastats.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/multisequence.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/permutetree.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pprog.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pprog2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pprog3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pprogt.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pprog_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pprog_tree.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/probcons.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/msa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/msa2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/myutils.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/colscoreefa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/profalign.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/profile3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/profpos3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/profprof3.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/profseq.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/protdist.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/protdistpair.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/protdists.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/qscore.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/qscoreefa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/qscorer2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/randomchaintree.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/randomdistmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/relabel.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/repredict.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/resample.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/runthreads.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/scoretest.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/searchpd.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/seqinfo.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/showseqstats.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/shrub.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/simplecluster.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/spatter.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/stripgappy.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/stripgappyrows.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/strip_anchors.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/substmxfromfile.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/super6.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/super7.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/super7_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/sw.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/swdistmx.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/sweep.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/sweeper.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/test.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/test_malloc.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/test_mega.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/tracebackbitmem.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/transalnref.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/tree.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/tree2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/tree4.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/treefromfile.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/treetofile.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/pairhmm.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/progalnflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/project.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/qscore_oldcode.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/qscore2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/qscorer.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/quarts.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/refineflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/relaxflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/seb8.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/sequence.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/setprobconsparams.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/seq.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/stripgappycols.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/super4.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/super5.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/testfb.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/testlog.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/testscoretype.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/textfile.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/totalprobflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/tracebackflat.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/transaln.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/transq.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/treeperm.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/treesplitter.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/treesubsetnodes.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/trimtoref.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/trimtorefefa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/uclust.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/uclustpd.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/uclustpd2.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/upgma5.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/upgma5_msa.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/usage.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/usorter.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(OBJDIR)/viterbifastmem.o \
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++.PHONY: clean
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++$(BINPATH) : $(BINDIR)/ $(OBJDIR)/ $(OBJS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(CXX) $(LDFLAGS) $(OBJS) -o $(BINPATH)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  strip $(BINPATH)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++$(OBJDIR)/ :
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mkdir -p $(OBJDIR)/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++$(BINDIR)/ :
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  mkdir -p $(BINDIR)/
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++$(OBJDIR)/%.o : %.cpp $(HDRS)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0ffe0;'>++  $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $<
</span><span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>diff --git a/science/muscle/files/patch-no-zero-redefine.diff b/science/muscle/files/patch-no-zero-redefine.diff
</span>deleted file mode 100644
<span style='display:block; white-space:pre;color:#808080;'>index 4e0e082af34..00000000000
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>--- a/science/muscle/files/patch-no-zero-redefine.diff
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0ff;'>+++ /dev/null
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#e0e0e0;'>@@ -1,51 +0,0 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-Avoid redefining "zero" as this will result in error messages like:
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-/opt/local/libexec/llvm-9.0/bin/../include/c++/v1/__mutex_base:397:25: error: too few arguments provided to function-like macro invocation
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    if (__d <= __d.zero())
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-    ┆   ┆   ┆   ┆   ┆   ^
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-./myutils.h:359:9: note: macro 'zero' defined here
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-#define zero(a, n)      memset((a), 0, (n)*sizeof(a[0]))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- src/countsort.h.orig   2021-11-23 16:01:03.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ src/countsort.h        2021-11-23 16:01:12.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -20,7 +20,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   CountSortMem()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           m_MaxValueCount = 0;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--          zero(m_Vecs, NVEC);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+          muscle_zero(m_Vecs, NVEC);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           }
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   void Free()
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- src/myutils.cpp.orig   2021-11-23 16:01:53.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ src/myutils.cpp        2021-11-23 16:02:01.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -798,7 +798,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           unsigned NewThreadStrCount = ThreadIndex + 4;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           char **NewThreadStrs = myalloc(char *, NewThreadStrCount);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--          zero(NewThreadStrs, NewThreadStrCount);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+          muscle_zero(NewThreadStrs, NewThreadStrCount);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           if (g_ThreadStrCount > 0)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-                   memcpy(NewThreadStrs, g_ThreadStrs, g_ThreadStrCount*sizeof(char *));
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           g_ThreadStrs = NewThreadStrs;
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- src/myutils.h.orig     2021-11-23 16:02:32.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ src/myutils.h  2021-11-23 16:02:40.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -356,7 +356,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #define asserteq(x, y)    assert(feq(x, y))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #define assertaeq(x, y)   asserta(feq(x, y))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--#define   zero(a, n)      memset((a), 0, (n)*sizeof(a[0]))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+#define   muscle_zero(a, n)       memset((a), 0, (n)*sizeof(a[0]))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- #define   memset_zero(a, n)       memset((a), 0, (n)*sizeof(a[0]))
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- void ResetRand(unsigned Seed);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>---- src/ensemble.cpp.orig  2021-11-23 16:03:05.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+++ src/ensemble.cpp       2021-11-23 16:03:14.000000000 -0500
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-@@ -41,7 +41,7 @@
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   M.GetLabelToSeqIndex(Labels2, LabelToSeqIndex2);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>- 
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   char **szSeqsSorted = myalloc(char *, SeqCount);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>--  zero(szSeqsSorted, SeqCount);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-+  muscle_zero(szSeqsSorted, SeqCount);
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-   for (uint SeqIndex = 0; SeqIndex < SeqCount; ++SeqIndex)
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           {
</span><span style='display:block; white-space:pre;background:#ffe0e0;'>-           const string &Label = Labels2[SeqIndex];
</span></pre><pre style='margin:0'>

</pre>