<html><head><style>body{font-family:Merriweather,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Merriweather,Arial;font-size:13px; color: rgba(51,51,51,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Ehi Ryan, </div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Merriweather,Arial;font-size:13px; color: rgba(51,51,51,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Merriweather,Arial;font-size:13px; color: rgba(51,51,51,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Thank you. I looked in all the computer and there is not any libhdf5.101.dylib. I also tried with the trace mode, but I got an error like “bin/ps operation not permitted” before it reached the actual point where the previous error was given. Can I somehow overcome the sandboxing? </div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Merriweather,Arial;font-size:13px; color: rgba(51,51,51,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Merriweather,Arial;font-size:13px; color: rgba(51,51,51,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Thanks!</div> <br> <div id="bloop_sign_1542493425776476928" class="bloop_sign">

        <title></title>

        <pre>          _   

-.     .´  |∞∞∞∞

  ',  ;    |∞∞∞∞∞∞

    ˜˜     |∞∞∞∞∞∞∞∞∞ RdB

    ,.,    |∞∞∞∞∞∞

  .'   '.  |∞∞∞∞

-'       `’

https://rdb.is

</pre>

</div> <br><p class="airmail_on">On 17 novembre 2018 a 03:24:40, Ryan Schmidt (<a href="mailto:ryandesign@macports.org">ryandesign@macports.org</a>) scritto:</p> <blockquote type="cite" class="clean_bq"><span><div><div></div><div>

<br>

<br>On Nov 16, 2018, at 18:00, Ruben Di Battista wrote:

<br>

> I tested again the build (with also rev-upgrade). No luck, same error. Does anyone here can try to install: vtk +hdf5 +python27 +mpich to see if it’s just a misconfiguration for me or it’s a general problem?

<br>

Some file on your system that is being used by the vtk build is linked with /opt/local/lib/libhdf5.101.dylib. We need to identify that file and rebuild it so that it is linked with /opt/local/lib/libhdf5.103.dylib instead.

<br>

That's what running "sudo port rev-upgrade" does, so I'm surprised that didn't fix the problem for you.

<br>

Maybe rev-upgrade is failing, but isn't printing an error message. You could run it with debug output: "sudo port -d rev-upgrade".

<br>

If the output doesn't look like an error is happening, then maybe the problem is that the file that is linked with /opt/local/lib/libhdf5.101.dylib is not in MacPorts, but the vtk build is finding it for some reason. (For example, maybe it is in /usr/local.) If so, you could use trace mode, which tells MacPorts to ignore any files not explicitly listed as dependencies: "sudo port clean vtk && sudo port -t install vtk +hdf5 +python27 +mpich".

<br>

<br>

<br></div></div></span></blockquote></body></html>