<div dir="ltr">My current attempt for these pdb2pqr and propka updates with a mmcif-pdbx support package is here...<div><br></div><div><a href="https://github.com/macports/macports-ports/pull/24312">https://github.com/macports/macports-ports/pull/24312</a><br></div><div><br></div><div>The ability to move files across packages seems very fragile under MacPorts suggesting that I might have to drop back to adding propka-select and pdb2pqr-select packages to do this for this purpose. Adding a depends_lib for pdb2pqr to propka doesn't seem to get the new propka-less pdb2pqr installed before the new separate propka package. I am wondering if these failures are real or if I am seeing an artifact of the buildbot not populating all three new commits simultaneously.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jun 4, 2024 at 9:43 AM Jack Howarth <<a href="mailto:howarth.at.macports@gmail.com">howarth.at.macports@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">I am lost at sea about how to handle the newer pdb2pqr packaging. The ancient 2.1.1 pdb2pqr sources built a c-based propka as part of the pdb2pqr process. Upstream replaced this with propka entirely rewritten in python and as its own project. I believe the buildbot failures that I am seeing are due to propka trying to overwrite the propka binary in /opt/local/bin on installation before the newer propka-free pdb2pqr package is installed. We don't seem to have the granularity in MacPorts to handle this cleanly short of creating a whole new pdb2pqr package under a new name (which is throwing a major wrench in using github.setup). Is there some way to handle movement of binaries across existing packages without having to recreate the wheel with a new package set?</div>
</blockquote></div>