<div dir="ltr">Joshua,<div>       Thanks. I used the deactivate hack in propka against pdb2pqr prior to 3.6.1 and it solved the buildbot failures. The final set of commits to add the py-mmcif_pdbx support package for the the new pdb2pqr 3.6.1 update and the associated propka package to provide the python-based propka.</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/macports/macports-ports/pull/24365">py-mmcif_pdbx 2.0.1, pdb2pqr 3.6.1 and propka 3.5.1 #24365</a><br></div><div><br></div><div>          Jack</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jun 4, 2024 at 4:14 PM Joshua Root <<a href="mailto:jmr@macports.org">jmr@macports.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On 4/6/2024 23:43, Jack Howarth wrote:<br>
> I am lost at sea about how to handle the newer pdb2pqr packaging. The <br>
> ancient 2.1.1 pdb2pqr sources built a c-based propka as part of the <br>
> pdb2pqr process. Upstream replaced this with propka entirely rewritten <br>
> in python and as its own project. I believe the buildbot failures that I <br>
> am seeing are due to propka trying to overwrite the propka binary in <br>
> /opt/local/bin on installation before the newer propka-free pdb2pqr <br>
> package is installed. We don't seem to have the granularity in MacPorts <br>
> to handle this cleanly short of creating a whole new pdb2pqr package <br>
> under a new name (which is throwing a major wrench in using <br>
> github.setup). Is there some way to handle movement of binaries across <br>
> existing packages without having to recreate the wheel with a new <br>
> package set?<br>
<br>
If the old version of pdb2pqr installed propka and the new version of <br>
pdb2pqr depends on a separate port that now installs propka, you will <br>
need to use the deactivate hack: <br>
<<a href="https://trac.macports.org/wiki/PortfileRecipes#deactivatehack" rel="noreferrer" target="_blank">https://trac.macports.org/wiki/PortfileRecipes#deactivatehack</a>><br>
<br>
- Josh<br>
</blockquote></div>